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- PDB-4qf3: Crystal structure of human BAZ2B PHD zinc finger in the free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qf3
タイトルCrystal structure of human BAZ2B PHD zinc finger in the free form
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / KIAA1476 / transcriptional regulation interacting with ISWI
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain ...BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tallant, C. / Van Molle, I. / Chirgadze, D.Y. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular basis of histone tail recognition by human TIP5 PHD finger and bromodomain of the chromatin remodeling complex NoRC.
著者: Cynthia Tallant / Erica Valentini / Oleg Fedorov / Lois Overvoorde / Fleur M Ferguson / Panagis Filippakopoulos / Dmitri I Svergun / Stefan Knapp / Alessio Ciulli /
要旨: Binding of the chromatin remodeling complex NoRC to RNA complementary to the rDNA promoter mediates transcriptional repression. TIP5, the largest subunit of NoRC, is involved in recruitment to rDNA ...Binding of the chromatin remodeling complex NoRC to RNA complementary to the rDNA promoter mediates transcriptional repression. TIP5, the largest subunit of NoRC, is involved in recruitment to rDNA by interactions with promoter-bound TTF-I, pRNA, and acetylation of H4K16. TIP5 domains that recognize posttranslational modifications on histones are essential for recruitment of NoRC to chromatin, but how these reader modules recognize site-specific histone tails has remained elusive. Here, we report crystal structures of PHD zinc finger and bromodomains from human TIP5 and BAZ2B in free form and bound to H3 and/or H4 histones. PHD finger functions as an independent structural module in recognizing unmodified H3 histone tails, and the bromodomain prefers H3 and H4 acetylation marks followed by a key basic residue, KacXXR. Further low-resolution analyses of PHD-bromodomain modules provide molecular insights into their trans histone tail recognition, required for nucleosome recruitment and transcriptional repression of the NoRC complex.
履歴
登録2014年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3496
ポリマ－13,0872
非ポリマー2624
水1,38777
1
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6753
ポリマ－6,5441
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6753
ポリマ－6,5441
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.485, 45.605, 65.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4


分子量: 6543.708 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1928-1983 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 2.2M Na/K phosphate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.2816 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2816 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.41 Å / Num. all: 15620 / Num. obs: 14800 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 8.4 % / % possible all: 100

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value
1.6-1.70.1375.6945870.168
1.7-1.820.0849.3843950.103
1.82-1.960.05614.0640880.069
1.96-2.150.0420.838130.048
2.4-2.770.03326.3934400.04
2.77-3.380.02831.5430240.034
3.38-4.750.02538.3625430.031
4.75-29.410.02643.8611320.031

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Arp/warp autobuilding model

解像度: 1.6→26.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.057 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 780 5 %RANDOM
Rwork0.18994 ---
all0.19153 ---
obs0.19153 14800 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.54 Å20 Å20 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 4 77 961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.019918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9761240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81632012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0625116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.36523.61136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79615168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.408155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02194
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 66 -
Rwork0.197 1008 -
obs--96.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.674-0.8022-0.91240.98730.44490.49830.0205-0.02280.0710.02950.0244-0.0399-0.01380.005-0.04490.0427-0.0090.0070.0710.01630.009425.74536.300811.2176
22.6467-0.6662-0.68570.23640.02540.6166-0.0763-0.0262-0.1625-0.0369-0.00220.00980.09720.01040.07850.06720.00010.03290.03150.0260.041841.0737-3.1294.5444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1927 - 1983
2X-RAY DIFFRACTION2B1927 - 1983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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