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- PDB-4qdv: Dcps in complex with covalent ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qdv
タイトルDcps in complex with covalent ligand
要素m7GpppX diphosphatase
キーワードHYDROLASE / Decapping scavenger enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA exonuclease activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body ...mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA exonuclease activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like ...mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30U / PHOSPHATE ION / m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Dcps in complex with covalent ligands targeting Tyrosines
著者: Liu, S.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: m7GpppX diphosphatase
B: m7GpppX diphosphatase
C: m7GpppX diphosphatase
D: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,08917
ポリマ－154,3544
非ポリマー1,73513
水00
1
A: m7GpppX diphosphatase
B: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0939
ポリマ－77,1772
非ポリマー9167
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
2
C: m7GpppX diphosphatase
D: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9968
ポリマ－77,1772
非ポリマー8186
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.090, 105.510, 140.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
m7GpppX diphosphatase / DCS-1 / Decapping scavenger enzyme / Hint-related 7meGMP-directed hydrolase / Histidine triad ...DCS-1 / Decapping scavenger enzyme / Hint-related 7meGMP-directed hydrolase / Histidine triad nucleotide-binding protein 5 / Histidine triad protein member 5 / HINT-5 / Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS


分子量: 38588.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCPS, DCS1, HINT5, HSPC015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96C86, 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-30U / 4-{[(2,4-diaminoquinazolin-5-yl)oxy]methyl}benzenesulfonic acid


分子量: 346.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N4O4S
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-25% PEG3350, 50 mM sodium chloride, 26% glycerol, crystals soaked in 1 mM compound overnight, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→84.26 Å / Num. obs: 35486 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 59.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.8→3.13 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 10201 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
JDirectorデータ収集
BUSTER精密化
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→84.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.37
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 1777 5.17 %RANDOM
Rwork0.2055 ---
obs0.2078 34391 91.53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.4602 Å20 Å20 Å2
2--3.3709 Å20 Å2
3----11.8312 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.395 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→84.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9561 0 102 0 9663
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3482SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes269HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1465HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9915HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1219SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10848SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9915HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13470HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.61
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 147 5.05 %
Rwork0.2445 2766 -
all0.2473 2913 -
obs--91.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81710.10890.13991.0486-0.20650.6672-0.06210.3074-0.277-0.30260.0337-0.1497-0.00780.09480.0284-0.0211-0.01480.05350.0956-0.08020.266437.707235.53717.9342
21.0979-0.1270.45530.5384-0.37211.40030.084-0.0286-0.56980.01920.0464-0.06230.2960.0712-0.1304-0.06560.00830.0233-0.0256-0.08550.33943.918520.675530.8422
31.2253-0.0739-0.49860.614-0.15860.95230.05960.05940.4840.03240.066-0.1553-0.27670.1373-0.1256-0.0854-0.0382-0.0473-0.0254-0.05450.352994.522136.718237.7595
42.0049-0.7237-0.20841.70660.03640.5-0.1495-0.41640.47990.36890.2159-0.42330.0030.1413-0.0664-0.00710.0378-0.11670.1229-0.09620.258288.673421.74651.2721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A40 - 336
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B40 - 336
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C39 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D38 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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