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- PDB-4qdp: Joint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-x... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qdp
タイトルJoint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-xylose isomerase in complex with two Cd2+ ions and cyclic beta-L-arabinose
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / TIM barrel / sugar isomerase / monosaccharides
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-arabinopyranose / : / DEUTERATED WATER / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kovalevsky, A.Y. / Langan, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: L-Arabinose Binding, Isomerization, and Epimerization by D-Xylose Isomerase: X-Ray/Neutron Crystallographic and Molecular Simulation Study.
著者: Langan, P. / Sangha, A.K. / Wymore, T. / Parks, J.M. / Yang, Z.K. / Hanson, B.L. / Fisher, Z. / Mason, S.A. / Blakeley, M.P. / Forsyth, V.T. / Glusker, J.P. / Carrell, H.L. / Smith, J.C. / ...著者: Langan, P. / Sangha, A.K. / Wymore, T. / Parks, J.M. / Yang, Z.K. / Hanson, B.L. / Fisher, Z. / Mason, S.A. / Blakeley, M.P. / Forsyth, V.T. / Glusker, J.P. / Carrell, H.L. / Smith, J.C. / Keen, D.A. / Graham, D.E. / Kovalevsky, A.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6584
ポリマ－43,2831
非ポリマー3753
水5,621312
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,63316
ポリマ－173,1334
非ポリマー1,50012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area34290 Å2
ΔGint-265 kcal/mol
Surface area46290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.930, 99.693, 102.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1152-

DOD

21A-1176-

DOD

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 糖 ChemComp-ARB / beta-L-arabinopyranose / beta-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / β-L-アラビノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArapbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-arabinopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-ArapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.7, 30% ammonium sulfate, batch, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12911
22911
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
NUCLEAR REACTORLANSCE PCS20.7-6.0
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2011年10月10日OSMIC VARIMAX
3He position sensitive detector2AREA DETECTOR2011年10月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.71
361
反射

Entry-ID: 4QDP / Observed criterion σ(F): 2.5

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2-39.282878687.71.40.208229.3
1.6-406377399.97.10.055129
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.666.80.3795.3100
2-2.111.90.371.674

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
nCNS1.0.0精密化
d*TREKデータスケーリング
HKL-3000for X-rayデータ削減
RETREATfor neutronデータ削減
HKL-3000for X-rayデータスケーリング
RETREATfor neutronデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Joint X-ray/neutron ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1254 5 %random
Rwork0.231 ---
all0.231 28786 --
obs0.231 25245 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 59.3119 Å2 / ksol: 0.343945 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 74.98 Å2 / Biso mean: 30.06 Å2 / Biso min: 16.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
Luzzati d res high-1.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 12 312 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg18.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.89
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.670.2442994.50.24162730.0147925657282.9
1.67-1.760.223444.90.20666830.0127919702788.7
1.76-1.870.1843554.80.1869880.017940734392.5
1.87-2.020.1933995.30.17571230.017926752294.9
2-2.090.3981115.30.419930.0384079210451.6
2.02-2.220.1723754.90.1873110.0097952768696.7
2.09-2.20.3661084.70.36322120.0354077232056.9
2.2-2.340.33613250.32225180.0294074265065
2.22-2.540.2013965.10.18374210.017993781797.8
2.34-2.520.2981404.60.28828710.0254103301173.4
2.52-2.770.28720260.26831390.024104334181.4
2.54-3.20.194205.30.17575070.0098034792798.7
2.77-3.170.2421885.10.22734990.0184118368789.5
3.17-3.990.18719650.17137590.0134140395595.5
3.2-19.890.17241050.15877340.0098265814498.5
3.99-19.720.18620750.16939700.0134301417797.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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