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- PDB-4qcf: Crystal structure of N-terminal mutant (V1A) of an alkali thermos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qcf
タイトルCrystal structure of N-terminal mutant (V1A) of an alkali thermostable GH10 xylanase from Bacillus sp. NG-27
要素Alkaline thermostable endoxylanase
キーワードHYDROLASE / GH10 Xylanase / (beta/alpha)8-barrel / Glycosyl Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus sp. NG-27 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Mahanta, P. / Bhardwaj, A. / Reddy, V.S. / Ramakumar, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into N-terminal to C-terminal interactions and implications for thermostability of a (beta/alpha)8-triosephosphate isomerase barrel enzyme
著者: Mahanta, P. / Bhardwaj, A. / Kumar, K. / Reddy, V.S. / Ramakumar, S.
履歴
登録2014年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline thermostable endoxylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2396
ポリマ－41,0851
非ポリマー1545
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.570, 80.120, 69.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

CL

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要素

#1: タンパク質 Alkaline thermostable endoxylanase


分子量: 41085.387 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 52-405 / 変異: V1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. NG-27 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30700, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 % / Mosaicity: 1.37 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M NaCl, 0.09M MgCl2, 0.05M Tris HCl pH 8.5, 15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→65.34 Å / Num. all: 17095 / Num. obs: 17095 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.26-2.385.10.1534.91245624190.0810.1531094.5
2.38-2.535.10.116.71195823220.0590.1113.295.2
2.53-2.75.20.0848.81139922070.0440.08416.195.9
2.7-2.925.20.0612.11066520590.0320.062196.1
2.92-3.25.20.04216.1996319200.0220.04226.896.3
3.2-3.575.20.03220.8894517290.0170.03235.297.4
3.57-4.135.20.02623.9796915390.0140.02641.297.1
4.13-5.055.20.02920.9676413090.0150.02945.198
5.05-7.155.10.02722.3524610200.0150.02740.698.2
7.15-26.76250.02423.528425710.0140.02446.897.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→26.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.1697 / FOM work R set: 0.8813 / SU B: 9.859 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.37 / SU Rfree: 0.2297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 877 5.1 %RANDOM
Rwork0.1745 ---
obs0.177 17094 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.06 Å2 / Biso mean: 26.355 Å2 / Biso min: 4.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å2-1.22 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→26.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2893 0 5 202 3100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9551.9274077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71836185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4445357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8924.798173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98615467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6771519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3261.4331419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3261.4331418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.582.1491773
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 63 -
Rwork0.199 1129 -
all-1192 -
obs--93.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.398 Å / Origin y: -5.715 Å / Origin z: 15.649 Å
111213212223313233
T0.0173 Å20.0313 Å20.0031 Å2-0.1347 Å20.0048 Å2--0.0104 Å2
L1.5771 °2-0.2442 °2-0.2897 °2-0.6022 °20.1525 °2--1.5011 °2
S0.0492 Å °0.1038 Å °-0.0402 Å °-0.0553 Å °-0.0191 Å °-0.0181 Å °0.0925 Å °0.2026 Å °-0.0301 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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