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- PDB-4qbg: Crystal structure of a stable adenylate kinase variant AKlse4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qbg
タイトルCrystal structure of a stable adenylate kinase variant AKlse4
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Adenylate kinase / Zinc finger / phosphotransferase activity / Zinc binding / ATP binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Moon, S. / Bae, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Effectiveness and limitations of local structural entropy optimization in the thermal stabilization of mesophilic and thermophilic adenylate kinases.
著者: Moon, S. / Bannen, R.M. / Rutkoski, T.J. / Phillips Jr., G.N. / Bae, E.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4454
ポリマ－24,4391
非ポリマー1,0063
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.817, 71.020, 45.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-564-

HOH

21B-576-

HOH

31B-614-

HOH

41B-621-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP/AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / ...AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP/AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / Superoxide-inducible protein 16 / SOI16


分子量: 24439.131 Da / 分子数: 1 / 変異: 38 mutations / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: adk, BSU01370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16304, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 32% (w/v) polyethylene glycol 4000, 250mM MgCl2, 100mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. all: 45588 / Num. obs: 44220 / % possible obs: 97 %
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MKG

4mkg


解像度: 1.37→49.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.845 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22029 2265 5.1 %RANDOM
Rwork0.17915 ---
obs0.18128 41955 96.73 %-
all-43373 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å2-0 Å2-1.28 Å2
2---0.46 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 59 232 1997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0191791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.512.0352421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.35733986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.545216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68324.26882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29715335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1631516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4991.394867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4961.391866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.882.0961082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8822.0981083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.071.719924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0681.718925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6152.4211340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.4813.5972244
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.37212.3732139
LS精密化 シェル解像度: 1.371→1.407 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 152 -
Rwork0.318 2959 -
obs--92.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87410-0.0122.55010.20822.7577-0.01820.28460.0287-0.29940.0971-0.0391-0.05790.17-0.07880.0398-0.02490.00480.0776-0.01210.012221.8059-1.4839-3.7486
24.2256-0.30531.47020.7974-0.1411.9854-0.018-0.0356-0.0549-0.00440.0340.062-0.1705-0.014-0.0160.05220.0421-0.01640.0604-0.0350.06687.6959-15.8477-6.3669
31.6299-0.05060.23721.30280.25381.58910.0979-0.101-0.10130.17190.00950.0540.08370.0198-0.10750.0316-0.0088-0.00540.02830.00460.040918.2193-6.918214.3104
43.22393.4441-1.83294.3381-1.54781.829-0.08210.1082-0.1499-0.17860.0548-0.0270.27630.03690.02740.20550.0275-0.0490.1576-0.04340.204516.918-11.37875.0815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B31 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2B127 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION3B61 - 126
5X-RAY DIFFRACTION3B165 - 217
6X-RAY DIFFRACTION4B302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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