PDB-4qbf: Crystal structure of a stable adenylate kinase variant AKlse2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qbf

タイトル

Crystal structure of a stable adenylate kinase variant AKlse2

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Adenylate kinase / Zinc finger / phosphotransferase activity / Zinc binding / ATP binding / Phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Moon, S. / Bae, E.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Effectiveness and limitations of local structural entropy optimization in the thermal stabilization of mesophilic and thermophilic adenylate kinases.
著者: Moon, S. / Bannen, R.M. / Rutkoski, T.J. / Phillips Jr., G.N. / Bae, E.

履歴

登録	2014年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qbf.cif.gz	102.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qbf.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qbf_validation.pdf.gz	975 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qbf_full_validation.pdf.gz	978.6 KB	表示
XML形式データ	4qbf_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4qbf_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/4qbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/4qbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dl0C 4qbgC 4qbhC 4qbiC 4mkgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tyq-2 3dl0-2 4tyq-1 5jd3-3 5g41-d 4mkh-d 4riv-d 3te4-d 2ven-1 2j13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylate kinase

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.293, 47.202, 109.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP/AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / ...AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP/AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / Superoxide-inducible protein 16 / SOI16 分子量: 24070.535 Da / 分子数: 1 / 変異: 26 mutations / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: adk, BSU01370 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P16304, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap₅A 分子量: 916.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₁₀O₂₂P₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.9M ammonium citrate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 19437 / Num. obs: 19418 / % possible obs: 99.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MKG

4mkg

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 5.774 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22247	992	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17125	-	-	-
obs	0.17382	18376	99.62 %	-
all	-	18446	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.634 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1674	0	58	144	1876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.331	2.036	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.551	3	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.748	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.278	25.065	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.949	15	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.165	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.745	1.64	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.705	1.638	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.469	2.45	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.473	2.452	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.168	2.128	898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.167	2.128	899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5	3.039	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.403	15.287	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.354	14.773	2053

LS精密化シェル

解像度: 1.803→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	86	-
R_work	0.207	1249	-
obs	-	100	96.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7693	-0.4332	-1.2737	4.216	-0.5897	2.6337	-0.1439	-0.1521	-0.0087	0.0388	0.1091	0.109	0.1081	-0.0769	0.0347	0.0508	-0.0225	0.0188	0.0826	-0.0102	0.0167	-15.6745	-2.702	-5.8734
2	0.9614	-0.0127	1.1102	1.5783	1.9525	3.7434	0.0278	-0.1683	0.0924	0.0024	0.0433	-0.1421	0.0601	-0.1234	-0.0711	0.0561	0.0021	0.0155	0.0591	-0.0188	0.0243	4.7289	3.9966	-0.9397
3	0.7799	0.3565	0.2004	1.243	0.3063	0.8277	0.0273	0.0194	0.0815	-0.0509	-0.0714	0.1504	0.0203	-0.0549	0.0441	0.0096	0.0026	-0.0016	0.014	-0.0076	0.0216	-8.3331	6.6233	-20.2595
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0304	0	0	0.0304	0	0.0304	-3.769	1.937	-12.402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	127 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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