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万見
- PDB-4qam: Crystal Structure of the RPGR RCC1-like domain in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qam
タイトルCrystal Structure of the RPGR RCC1-like domain in complex with the RPGR-interacting domain of RPGRIP1
要素
  • X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator
  • X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / type II C2 domain / beta propeller (Βプロペラドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor distal connecting cilium / intraciliary transport / photoreceptor connecting cilium / eye photoreceptor cell development / neural precursor cell proliferation / response to stimulus / axoneme / cilium assembly / photoreceptor outer segment / sperm flagellum ...photoreceptor distal connecting cilium / intraciliary transport / photoreceptor connecting cilium / eye photoreceptor cell development / neural precursor cell proliferation / response to stimulus / axoneme / cilium assembly / photoreceptor outer segment / sperm flagellum / 視覚 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ciliary basal body / intracellular protein transport / ubiquitin protein ligase activity / retina development in camera-type eye / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / 中心体 / ゴルジ体 / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1 / RPGR-interacting protein 1, first C2 domain / RPGRIP1 family / RPGRIP1, C-terminal / First C2 domain of RPGR-interacting protein 1 / Retinitis pigmentosa G-protein regulator interacting C-terminal / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 ...Retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1 / RPGR-interacting protein 1, first C2 domain / RPGRIP1 family / RPGRIP1, C-terminal / First C2 domain of RPGR-interacting protein 1 / Retinitis pigmentosa G-protein regulator interacting C-terminal / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / C2ドメイン / C2ドメイン / C2ドメイン / C2 domain profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator / X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Remans, K. / Buerger, M. / Vetter, I.R. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: C2 domains as protein-protein interaction modules in the ciliary transition zone.
著者: Remans, K. / Burger, M. / Vetter, I.R. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Experimental preparation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator
B: X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,43111
ポリマ－66,7382
非ポリマー6939
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.120, 63.800, 161.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator / RPGR


分子量: 43553.012 Da / 分子数: 1 / 断片: RCC1-like domain (UNP residues 1-392) / 変異: V195I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RP3, RPGR, XLRP3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92834
#2: タンパク質 X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator-interacting protein 1 / RPGRIP1 / RPGR-interacting protein 1


分子量: 23185.064 Da / 分子数: 1 / 断片: RPGR-interacting domain (UNP residues 1091-1286) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPGRIP1 / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q96KN7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG3350, 300 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→43.232 Å / Num. obs: 58347 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.282 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.83-1.880.9043.215678142341100
1.88-1.930.7154.135720141511100
1.93-1.980.5455.295535640491100
1.98-2.050.4286.715279439191100
2.05-2.110.3368.15012138061100
2.11-2.190.2699.644677337041100
2.19-2.270.21611.814696635481100
2.27-2.360.20212.964762134461100
2.36-2.470.17414.664522432931100
2.47-2.590.13917.624244931401100
2.59-2.730.11120.933977430371100
2.73-2.890.09324.293621828701100
2.89-3.090.07830.143718926741100
3.09-3.340.0637.713455225241100
3.34-3.660.04946.793091923061100
3.66-4.090.04251.172607121201100
4.09-4.730.03957.042443518851100
4.73-5.790.0457.582149916241100
5.79-8.180.04552.96150181264199.9
8.18-43.2320.03861.448813753199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JHN

4jhn


解像度: 1.83→43.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.1837 / WRfactor Rwork: 0.1504 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.8867 / SU B: 4.667 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1073 / SU Rfree: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 2917 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.1637 58343 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.05 Å2 / Biso mean: 32.961 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→43.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4223 0 44 322 4589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.024429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2351.9676005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9255567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24425.243206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.32915734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7191516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213375
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 188 -
Rwork0.277 3755 -
all-3943 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60950.2163-0.20541.29210.14240.9252-0.02230.03080.0128-0.29770.014-0.0098-0.0443-0.0080.00830.12450.00840.00390.01920.00550.0027-28.308-5.28614.997
20.45350.440.0691.53110.01151.7771-0.0381-0.0575-0.09970.18580.0156-0.3220.1190.31180.02250.06760.0315-0.02950.09030.00120.1104-21.152-1.13348.024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 504
2X-RAY DIFFRACTION2B1097 - 1283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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