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- PDB-4qak: Crystal structure of phosphoesterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qak
タイトルCrystal structure of phosphoesterase
要素2'-5'-RNA ligase
キーワードHYDROLASE / RNA 2' / 3' cyclic phosphodiesterase / 2H motif / phosphodiesterase / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase / RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase activity / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphoesterase, HXTX / RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase / LigT like Phosphoesterase / Cyclic Phosphodiesterase; Chain: A, / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic phosphodiesterase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.025 Å
データ登録者Remus, B.S. / Shuman, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of phosphoesterase
著者: Remus, B.S. / Shuman, S.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-5'-RNA ligase
B: 2'-5'-RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9996
ポリマ－40,3752
非ポリマー6244
水4,648258
1
A: 2'-5'-RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4644
ポリマ－20,1881
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2'-5'-RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5352
ポリマ－20,1881
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.688, 107.688, 71.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-437-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2'-5'-RNA ligase


分子量: 20187.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P37025, 合成酵素; リン酸エステル結合を形成
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-2AM / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2M NaCl, 0.1mM sodium acetate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月4日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→48.16 Å / Num. all: 28005 / Num. obs: 27221 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0.007 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.02→2.1 Å / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXautosolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIXautosol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.025→48.16 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 1301 4.78 %
Rwork0.1745 --
obs0.1771 27196 97.02 %
all-28005 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.025→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2754 0 41 258 3053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1064063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9231119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0249-2.1060.27851060.21352316X-RAY DIFFRACTION79
2.106-2.20180.26681370.18822771X-RAY DIFFRACTION95
2.2018-2.31790.23221370.17982874X-RAY DIFFRACTION98
2.3179-2.46310.23121430.18692929X-RAY DIFFRACTION100
2.4631-2.65330.25451480.19212926X-RAY DIFFRACTION100
2.6533-2.92030.26671650.19922938X-RAY DIFFRACTION100
2.9203-3.34280.21821540.18192955X-RAY DIFFRACTION100
3.3428-4.21120.20931590.14613005X-RAY DIFFRACTION100
4.2112-48.17310.20961520.16523181X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.1224 Å / Origin y: 28.1529 Å / Origin z: 17.2253 Å
111213212223313233
T0.0577 Å20.0069 Å2-0.0083 Å2-0.051 Å2-0.0052 Å2--0.0498 Å2
L0.0759 °2-0.226 °20.074 °2-0.1452 °2-0.1429 °2---0.0602 °2
S0.003 Å °0.0004 Å °-0.0041 Å °-0.0302 Å °0.0008 Å °0.0168 Å °0.0063 Å °-0.0041 Å °0.0041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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