ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | AMoRE | | 位相決定 | REFMAC | 5.1.24精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | BUSTER | 2.11.5精密化 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→47.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9338 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9075 / SU B: 9.246 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2369 | 1596 | 4.97 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1962 | - | - | - |
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obs | 0.1982 | 32127 | 84.59 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 67.88 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.526 Å2 | 0 Å2 | 16.5358 Å2 |
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2- | - | 10.4966 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -9.9706 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.341 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.82 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3758 | 0 | 60 | 216 | 4034 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 | Restraint function | Weight |
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X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d0.01 | 3946 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg1.07 | 5388 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d | 1363 | SINUSOIDAL2 | X-RAY DIFFRACTION | t_incorr_chiral_ct | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_pseud_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_trig_c_planes | 115 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes | 613 | HARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_it | 3946 | HARMONIC20 | X-RAY DIFFRACTION | t_nbd | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_sum_occupancies | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_distance | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / Total num. of bins used: 16
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.235 | 77 | 5.79 % |
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Rwork | 0.2135 | 1252 | - |
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all | 0.2147 | 1329 | - |
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obs | - | - | 84.59 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.9172 | 0.4601 | 0.2071 | 2.8517 | 0.3818 | 1.4769 | -0.0973 | 0.1277 | -0.1298 | -0.683 | 0.1422 | 0.0454 | 0.0473 | 0.0294 | -0.0449 | -0.0202 | -0.0666 | -0.02 | -0.1325 | -0.0213 | -0.0558 | 25.376 | -12.4997 | 15.8193 | 2 | 1.762 | -0.6935 | 0.2036 | 3.3403 | 0.2748 | 1.3808 | -0.1052 | -0.0328 | 0.1718 | 0.1404 | 0.1152 | -0.2665 | -0.1535 | -0.0654 | -0.01 | -0.1242 | -0.0172 | -0.0706 | -0.1191 | 0.0166 | -0.0343 | 29.1598 | 12.5846 | 33.3686 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|* }A7 - 4000 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|* }B18 - 4000 | | | | |
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