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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q8o | ||||||
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タイトル | tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) Mutant V262T in Complex with 6-Amino-2-{[2-(morpholin-4-yl)ethyl]amino}-1H,7H,8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one | ||||||
要素 | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
キーワード | Transferase/transferase inhibitor / Guanine Exchange Enzyme / preQ1 / tRNA / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.887 Å | ||||||
データ登録者 | Neeb, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Creating a Resistance Model for TGT: The Effect of Mutations on Flexible lin-Benzoguanine Substituents 著者: Neeb, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q8o.cif.gz | 162.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q8o.ent.gz | 125.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4q8o_validation.pdf.gz | 449.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4q8o_full_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4q8o_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4q8o_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43071.801 Da / 分子数: 1 / 変異: V262T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2-ZM-V262T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-CKR / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS HAVE INDICATED THAT THERE IS A CONFLICT IN THE UNPROT SEQUENCE P28720. SEE REFERENCE: ...AUTHORS HAVE INDICATED THAT THERE IS A CONFLICT IN THE UNPROT SEQUENCE P28720. SEE REFERENCE: REUTER K.K.H., FICNER R.; J. BACTERIOL. 177:5284-5288 (1995). THE CORRECT RESIDUE IS A LYS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM MES, 10% DMSO, 13% PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→30 Å / Num. obs: 32679 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1625 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1PUD 解像度: 1.887→23.631 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.887→23.631 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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