[日本語] English
万見
- PDB-4q7t: Crystal structure of photoswitchable fluorescent protein PSmOrange -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q7t
タイトルCrystal structure of photoswitchable fluorescent protein PSmOrange
要素PSmOrange
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / photoswitchable fluorescent protein / chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Pletnev, S. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Orange Fluorescent Proteins: Structural Studies of LSSmOrange, PSmOrange and PSmOrange2.
著者: Pletnev, S. / Shcherbakova, D.M. / Subach, O.M. / Pletneva, N.V. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Dauter, Z. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PSmOrange
B: PSmOrange


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4202
ポリマ－56,4202
非ポリマー00
水2,882160
1
A: PSmOrange


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2101
ポリマ－28,2101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PSmOrange


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2101
ポリマ－28,2101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.363, 50.683, 52.414
Angle α, β, γ (deg.)94.710, 90.030, 106.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 PSmOrange


分子量: 28209.912 Da / 分子数: 2 / 変異: S12T, Q64L, F99Y, L124M, K162R, P186S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: D0VWW2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES PHE65, GLY66, TYR67, AND GLY68 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 55% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→52.221 Å / Num. obs: 27702 / % possible obs: 84.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.94-1.982.90.1769400.538156.6
1.98-2.023.10.1949900.551161.6
2.02-2.063.10.16311040.583166.5
2.06-2.13.20.15311410.576169.6
2.1-2.153.20.14911810.605173.3
2.15-2.23.20.14312940.61177.3
2.2-2.253.20.13613140.583181.9
2.25-2.313.20.11914490.628187
2.31-2.383.20.10915000.628191.4
2.38-2.463.30.1115440.667195.1
2.46-2.543.30.09215820.665196.5
2.54-2.653.40.08815840.735197.1
2.65-2.773.30.0716160.817197.3
2.77-2.913.30.06215840.85196.9
2.91-3.13.30.05515810.916196.6
3.1-3.333.30.04715481.124194.7
3.33-3.673.20.04414791.357189.9
3.67-4.23.20.04214271.599187.4
4.2-5.293.20.0413411.742182
5.29-52.2213.40.04215032.074191.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H5O

2h5o


解像度: 1.94→52.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2682 / WRfactor Rwork: 0.2028 / FOM work R set: 0.7879 / SU B: 4.84 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.2325 / SU Rfree: 0.2064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2656 1387 5 %RANDOM
Rwork0.1998 ---
obs0.203 26506 84.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.91 Å2 / Biso mean: 43.276 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.96 Å22.28 Å2-0.48 Å2
2--6.49 Å2-0.56 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→52.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3498 0 0 160 3658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.023609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1531.9754864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3795432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68323.976166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.55815641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.891519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212767
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 90 -
Rwork0.231 1243 -
all-1333 -
obs--54.99 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る