ソフトウェア 名称 バージョン 分類 MxDCデータ収集 PHASERMR位相決定 REFMAC5.8.0049精密化 MOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.2→49.2 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.902 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.849 / SU B : 27.79 / SU ML : 0.303 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R Free : 0.285 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUTRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.29685 266 4.5 % RANDOM Rwork 0.24872 - - - obs 0.25093 5584 99.25 % - all - 5612 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 33.831 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -2.74 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 2.72 Å2 0 Å2 3- - - 0.02 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.2→49.2 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 995 0 0 12 1007
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.019 1026 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.454 1.952 1392 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.095 5 138 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg41.163 26.279 43 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg19.119 15 179 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg24.896 15 5 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.06 0.2 163 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 768 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it3.441 2.756 549 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it4.058 4.121 688 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it4.794 2.894 477 X-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_refined4.973 35.552 4237 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr11.619 3 1026 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded24.591 5 1014
LS精密化 シェル 解像度 : 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.347 26 - Rwork 0.312 380 - obs - - 97.36 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.1776 0.3774 0.3051 2.4457 0.4011 0.5916 0.2355 -0.118 0.1028 0.4482 -0.0996 0.1123 -0.0823 -0.092 -0.0099 0.4965 -0.0272 0.0638 0.1502 -0.0232 0.4492 -4.8072 6.9318 -8.9293 2 2.613 -0.1293 0.6983 3.2834 0.0611 2.558 -0.0121 0.226 -0.1618 0.0335 0.0769 -0.0908 0.2536 0.1845 -0.0285 0.3457 0.037 -0.002 0.1042 0.0099 0.3378 -9.1565 17.2828 -20.1284 3 0.4894 0.372 0.1713 1.4262 0.4588 0.4239 0.1413 -0.0557 0.1061 0.2053 0.0031 -0.0968 0.0014 0.0203 0.2414 0.4199 -0.076 0.0191 0.0211 -0.0722 0.3105 0.3452 5.9469 -14.3685
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain A and ( resid 78 through 131 )A78 - 131 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain A and ( resid 132 through 170 )A132 - 170 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain A and ( resid 171 through 211 )A171 - 211