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- PDB-4q6j: Crystal Structure of EAL domain Protein from Listeria monocytogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q6j
タイトルCrystal Structure of EAL domain Protein from Listeria monocytogenes EGD-e
要素Lmo0131 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TIM barrel / alpha-betafold
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / Lmo0131 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.369 Å
データ登録者Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of EAL domain Protein from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo0131 protein
B: Lmo0131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,79019
ポリマ－58,6412
非ポリマー1,14917
水7,080393
1
A: Lmo0131 protein
B: Lmo0131 protein
ヘテロ分子

A: Lmo0131 protein
B: Lmo0131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,58138
ポリマ－117,2834
非ポリマー2,29834
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area16100 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area39890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.771, 72.483, 77.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-597-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lmo0131 protein


分子量: 29320.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: lmo0131 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q8YAJ4

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非ポリマー , 5種, 410分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M postassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h-2*l,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. all: 120312 / Num. obs: 120312 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 17.02 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4456 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1621)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.369→30.069 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: both Freidel pair reflections were used in refinement, which is reflected the refinement statistics
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 6111 5.08 %random
Rwork0.137 ---
all0.14 120309 --
obs0.14 120309 96.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.369→30.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 72 393 4448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4155927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0031694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.3698-1.39340.30852060.25764176438268
1.3934-1.41880.27512740.24775001527580
1.4188-1.44610.25512820.23495598588090
1.4461-1.47560.2313360.21085671600791
1.4756-1.50770.23393050.19475746605192
1.5077-1.54270.21762830.19615819610293
1.5427-1.58130.22132970.19235771606893
1.5813-1.6240.22332900.18975774606493
1.624-1.67180.21613020.18485830613293
1.6718-1.72580.20482950.18625819611493
1.7258-1.78740.20763140.18085832614694
1.7874-1.8590.20113390.1765839617893
1.859-1.94350.18533110.1695835614694
1.9435-2.0460.19393070.16595906621394
2.046-2.17410.17922810.15275893617495
2.1741-2.34180.18123160.14335904622094
2.3418-2.57720.15423440.12545899624394
2.5772-2.94960.1663160.11385949626595
2.9496-3.7140.12363030.09346009631295
3.714-24.23430.12273200.09216001632194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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