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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q6a | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus V31L, F98Y Mutant Dihydrofolate Reductase Complexed with NADPH | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus MUF168 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å | ||||||
データ登録者 | Reeve, S.M. / Anderson, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Protein design algorithms predict viable resistance to an experimental antifolate. 著者: Reeve, S.M. / Gainza, P. / Frey, K.M. / Georgiev, I. / Donald, B.R. / Anderson, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q6a.cif.gz | 52.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q6a.ent.gz | 36.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4q6a_validation.pdf.gz | 742.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4q6a_full_validation.pdf.gz | 742.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4q6a_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4q6a_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/4q6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/4q6a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18419.053 Da / 分子数: 1 / 変異: V31L, F98Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus MUF168 (黄色ブドウ球菌) 株: SAB1281c / 遺伝子: dfrB, Y000_11620 / プラスミド: pET-41a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W7NDF6, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, pH 6.0, 13% PEG 10,000, 0.3M Sodium Acetate, 5% gamma-butyrolacetone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.099→34.351 Å / Num. all: 12235 / Num. obs: 11649 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 20 / % possible all: 0.993 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3F0U 解像度: 2.099→34.351 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.099→34.351 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %
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