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- PDB-4q5j: Crystal structure of SeMet derivative BRI1 in complex with BKI1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q5j
タイトルCrystal structure of SeMet derivative BRI1 in complex with BKI1
要素
  • BRI1 kinase inhibitor 1
  • Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase domain / ATP binding / Phosphorylation / SeMet labelled / Membrane / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of brassinosteroid biosynthetic process / detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development ...negative regulation of brassinosteroid biosynthetic process / detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / microtubule bundle formation / response to UV-B / protein kinase inhibitor activity / steroid binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / lipid metabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome membrane / endosome / protein heterodimerization activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BKI1/Probable membrane-associated kinase regulator 1/3/4 / : / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...BKI1/Probable membrane-associated kinase regulator 1/3/4 / : / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / BRI1 kinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.772 Å
データ登録者Wang, J. / Wang, J. / Chen, L. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the negative regulation of BRI1 signaling by BRI1-interacting protein BKI1.
著者: Wang, J. / Jiang, J. / Wang, J. / Chen, L. / Fan, S.L. / Wu, J.W. / Wang, X. / Wang, Z.X.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
B: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
F: BRI1 kinase inhibitor 1
E: BRI1 kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5206
ポリマ－82,5074
非ポリマー1,0122
水362
1
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
E: BRI1 kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7603
ポリマ－41,2542
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
2
B: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
F: BRI1 kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7603
ポリマ－41,2542
非ポリマー5061
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.715, 80.288, 80.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / AtBRI1 / Brassinosteroid LRR receptor kinase


分子量: 38972.102 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP residues 863-1180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g39400, BRI1, F23K16.30 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O22476, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド BRI1 kinase inhibitor 1


分子量: 2281.564 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal peptide, UNP residues 306-325 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Arabidopsis thaliana.
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FMZ0
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ithium Citrate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. all: 19482 / Num. obs: 19437 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.77→2.87 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1906 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OH4

4oh4


解像度: 2.772→38.409 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.04 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2589 994 5.11 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.2035 19437 99.37 %-
all-19482 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.772→38.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4848 0 62 2 4912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5186792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9891820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007847
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.772-2.91830.34611390.2752256297
2.9183-3.10110.31011390.24172621100
3.1011-3.34040.27971440.23352629100
3.3404-3.67630.28011530.21082635100
3.6763-4.20770.22671290.16592655100
4.2077-5.29910.19131660.16992626100
5.2991-38.41310.29811240.2114271599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51760.7452.64732.87981.24794.9018-0.4661-0.06480.81930.2234-0.39610.7012-0.7931-0.52160.79960.36740.0942-0.06410.4247-0.06180.5752-24.15912.403391.402
20.70190.09650.26724.2188-2.4561.5959-0.3134-0.85390.19051.0347-0.85620.1819-0.3706-0.35690.58771.9823-0.3225-0.9551-0.0894-0.86820.4492-15.878421.0316115.4995
31.2342.33461.47244.45182.61733.7362-0.2484-0.2820.42060.7889-0.1228-0.7297-0.65010.04750.30780.7922-0.0032-0.40120.3582-0.07150.5651-13.89514.5715104.0515
43.05411.250.95624.720.1694.35820.3897-0.7882-0.2141.4-0.3041-0.14690.5412-0.7421-0.10330.5599-0.1998-0.02080.47740.05140.3019-22.6054-0.9862105.0857
54.26660.03850.14566.211-1.74494.61710.4593-1.5736-0.73151.7767-0.10950.63980.8143-1.2178-0.27281.7726-0.72420.07381.62890.42710.4487-29.5737-12.4602120.7677
61.42021.4471-1.4072.9947-2.75092.54620.2152-0.4593-0.14990.3517-0.70220.3703-0.0297-0.69660.22881.0479-0.3940.38571.8285-0.08161.0886-44.482-7.3898116.0286
71.72760.3781.48832.1956-0.64491.82870.6431-0.9223-0.40490.7755-0.49850.54340.409-0.7333-0.14570.9279-0.54790.00350.91220.15270.5772-32.7686-11.3667102.2716
81.0094-0.36551.33141.0442-0.43265.82940.0147-0.36030.57571.37410.0619-1.2084-0.01150.7382-0.10591.4415-0.0721-0.81260.5335-0.30540.6577-14.902141.114486.7961
93.5490.48920.24654.2972-0.87124.25070.094-0.22720.06451.19870.1659-0.2455-0.21190.1067-0.13450.51340.1617-0.05390.2907-0.0260.3177-25.977532.953779.7922
103.64270.1455-0.41141.09691.87565.41230.2235-0.9911-0.47971.12730.23521.10990.2083-1.453-0.36340.79720.18020.23221.02490.35090.8879-44.395527.700681.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 852 through 872 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 873 through 901 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 902 through 957 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 958 through 1081 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1082 through 1106 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1107 through 1123 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1124 through 1160 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 852 through 928 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 929 through 1081 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1082 through 1160 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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