PDB-4q5g: Crystal Structure of mouse Serum Amyloid A3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q5g

タイトル

Crystal Structure of mouse Serum Amyloid A3

要素

Serum amyloid A-3 protein

キーワード

PROTEIN BINDING / four helix bundle / serum amyloid A3 / retinol binding / retinol transport / acute phase response

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stilbenoid / Toll-like receptor 4 binding / high-density lipoprotein particle / chemoattractant activity / cellular response to interleukin-1 / cell chemotaxis / acute-phase response / response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.057 Å

データ登録者

Derebe, M.G. / Hooper, L.V.

引用

ジャーナル: elife / 年: 2014
タイトル: Biochemical and structural analysis reveals a retinol binding function for serum amyloid A proteins
著者: Derebe, M.G. / Zlatkov, C.M. / Gattu, S. / Ruhn, K.A. / Vaishnava, S. / Diehl, G.E. / MacMillan, J.B. / Williams, N.S. / Hooper, L.V.

履歴

登録	2014年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q5g.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q5g.ent.gz	73.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q5g_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q5g_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	4q5g_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	4q5g_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/4q5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/4q5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pmf-1 1kgj-d 4ar9-1 5ayt-1 4c7h-d 5v96-3 6gns-d 2ql3-2 4yjx-d 6qdg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serum amyloid A-3 protein

B: Serum amyloid A-3 protein

24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serum amyloid A-3 protein

B: Serum amyloid A-3 protein

A: Serum amyloid A-3 protein

B: Serum amyloid A-3 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.327, 78.327, 62.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Serum amyloid A-3 protein 分子量: 12055.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Saa3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04918
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 75-80% MPD, 0.1M sodium acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月31日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 12206 / Num. obs: 12206 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
JBluIce-EPICS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.057→39.163 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1196	9.8 %
R_work	0.1667	11010	-
obs	0.1712	12206	89.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.82 Å² / B_iso mean: 32.1953 Å² / B_iso min: 10.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.057→39.163 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1608	0	0	80	1688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	2214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.31	612

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0574-2.1398	0.2238	90	0.1664	876	966	64
2.1398-2.2372	0.2218	103	0.1622	991	1094	73
2.2372-2.3551	0.231	124	0.1591	1085	1209	81
2.3551-2.5027	0.2055	135	0.1621	1241	1376	92
2.5027-2.6958	0.2061	150	0.157	1348	1498	99
2.6958-2.9671	0.2182	152	0.1609	1342	1494	99
2.9671-3.3962	0.2003	144	0.154	1366	1510	100
3.3962-4.278	0.1875	148	0.1508	1363	1511	100
4.278-39.1706	0.2428	150	0.1988	1398	1548	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.769	-1.7899	2.1583	2.7703	-0.7718	6.2434	-0.2072	-0.3493	-1.1247	-0.1152	0.042	0.7053	-0.4798	-1.0717	-0.9265	0.1652	-0.0146	-0.0296	0.2308	0.0267	0.3754	16.598	16.213	37.559
2	5.8004	-1.9183	1.9362	4.9276	-3.8215	3.7238	-0.0966	0.0738	-0.6702	-0.1173	-0.1046	0.1228	0.2517	-0.1631	-0.0617	0.1408	0.0024	0.0553	0.106	-0.0084	0.2577	26.587	14.848	39.531
3	3.5278	0.7848	0.742	2.5728	-0.5478	3.6171	0.3443	0.0586	-1.0136	0.2228	0.2977	0.0324	-0.0146	-0.1396	-0.2973	0.1724	-0.0172	-0.0201	0.1495	0.0674	0.3107	32.691	9.844	42.837
4	4.3441	-0.6095	1.8398	3.7269	1.0525	8.0515	0.0657	-0.1695	-1.1161	0.3335	-0.3377	1.0905	1.0893	0.2972	-1.0243	0.2182	0.0171	0.0272	0.1769	0.0979	0.3604	5.38	23.436	37.781
5	7.4807	-1.1612	2.7229	4.1769	0.6587	4.6791	0.0032	0.0142	-0.4856	0.136	0.0188	0.4781	0.1669	0.0142	-0.0023	0.0736	-0.0052	0.0043	0.1452	-0.0066	0.2502	-0.489	31.715	35.192
6	4.4385	0.011	0.2504	4.8649	-0.3808	7.936	0.278	0.6101	0.0968	-0.4297	0.2451	0.3343	-0.8459	0.1468	-0.192	0.1725	0.0347	-0.0403	0.2116	0.0097	0.1213	11.526	31.435	33.055
7	6.3034	-0.0639	-4.041	4.595	1.1689	7.8549	0.1285	0.8697	-0.1023	-0.8655	-0.7153	-0.4768	-0.0199	0.9878	0.0589	0.2501	0.077	0.013	0.3855	0.0701	0.2131	6.854	38.825	29.994
8	3.5048	-0.3371	2.3489	2.7348	0.1613	3.9821	0.1803	-0.1992	-0.2481	-0.0107	-0.0975	0.5594	0.1837	-0.385	-0.1115	0.1042	-0.0067	-0.012	0.1604	0.0211	0.2095	-7.935	34.286	32.3
9	6.3711	0.6433	0.4951	5.1786	1.4896	8.6384	-0.0609	-0.4103	0.1698	0.4807	0.1627	0.1216	-0.6664	0.1184	-0.1481	0.2302	0.0484	-0.0094	0.1612	0.0019	0.147	21.608	25.844	40.566
10	4.2973	-2.0787	-0.5381	6.9325	3.6373	9.3499	-0.1275	0.1205	0.4672	-0.012	0.1079	-0.0194	-0.2144	0.2884	0.0057	0.0881	0.0055	-0.0314	0.1643	0.0358	0.2258	31.446	23.387	40.452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 6:31 )	A	6 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 36:51 )	A	36 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 92:108 )	A	92 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 6:31 )	B	6 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 36:51 )	B	36 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 53:71 )	B	53 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 72:91 )	B	72 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 92:108 )	B	92 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 53:71 )	A	53 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 80:91 )	A	80 - 91

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