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- PDB-4q53: Crystal structure of a DUF4783 family protein (BACUNI_04292) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q53
タイトルCrystal structure of a DUF4783 family protein (BACUNI_04292) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.27 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Cystatin-like fold / DUF4783 / PF16022 family / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF4783 / Domain of unknown function (DUF4783) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / IODIDE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BACUNI_04292) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.27 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,34326
ポリマ－24,9172
非ポリマー2,42524
水3,315184
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,59713
ポリマ－12,4591
非ポリマー1,13912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,74513
ポリマ－12,4591
非ポリマー1,28712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.136, 37.109, 61.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-212-

NA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12458.679 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
遺伝子: BACUNI_04292 / プラスミド: SpeedE5T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7V9L7

-
非ポリマー , 8種, 208分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 21-130) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 21-130) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.07M Sodium Iodide, 30.00% polyethylene glycol 3350, 0.01M ferric(III) chloride, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL11-110.97882
2
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月25日
詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97882 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→28.002 Å / Num. obs: 53919 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.53 Å2
反射 シェル解像度: 1.27→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.4精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.27→28 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.09 / 位相誤差: 14.2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. IODIDES (IOD) FROM THE CRYSTALLIZATION HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. THE MODELING OF IODIDE IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS. 4. POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENTS (7PE,PEG, AND PG4) FROM THE CRYSTALLIZATION HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. SODIUM (NA) AND CHLORIDE (CL) FROM THE CRYSTALLIZATION HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 1,2- ETHANEDIOL (EDO), USED AS A CRYOPROTECTANT, HAS ALSO BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED AT THE RIDING POSITIONS. 6. ELECTRON DENSITY INDICATES THAT CYS 109 ON THE TWO SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE OXIDIZED; THEREFORE, THESE RESIDUES WERE MODELED AS S-HYDROXYCYSTEINE (CSO).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 2753 5.11 %
Rwork0.154 --
obs0.155 53907 98.1 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 82 184 1970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7252813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.421865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.27-1.29190.19661450.15472514X-RAY DIFFRACTION98
1.2919-1.31540.20371310.14162578X-RAY DIFFRACTION99
1.3154-1.34070.18391310.13292506X-RAY DIFFRACTION98
1.3407-1.36810.16331490.12762558X-RAY DIFFRACTION98
1.3681-1.39780.15281310.12142560X-RAY DIFFRACTION99
1.3978-1.43030.18211190.11472585X-RAY DIFFRACTION98
1.4303-1.46610.18031290.11422587X-RAY DIFFRACTION99
1.4661-1.50570.14721510.10392552X-RAY DIFFRACTION99
1.5057-1.550.12951240.1022543X-RAY DIFFRACTION98
1.55-1.60.14831380.10492515X-RAY DIFFRACTION98
1.6-1.65720.15281490.11022579X-RAY DIFFRACTION99
1.6572-1.72360.15281410.1152574X-RAY DIFFRACTION99
1.7236-1.8020.18091650.12362571X-RAY DIFFRACTION99
1.802-1.8970.151540.12762542X-RAY DIFFRACTION99
1.897-2.01580.17591300.12782487X-RAY DIFFRACTION96
2.0158-2.17140.16361290.13482622X-RAY DIFFRACTION99
2.1714-2.38980.16851640.14782556X-RAY DIFFRACTION99
2.3898-2.73530.18671210.16162552X-RAY DIFFRACTION96
2.7353-3.4450.19521310.17682534X-RAY DIFFRACTION96
3.445-26.90790.18831210.20332639X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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