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- PDB-4q4a: Improved model of AMP-PNP bound TM287/288 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q4a
タイトルImproved model of AMP-PNP bound TM287/288
要素
  • ABC transporter
  • Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / ABC exporter / Multidrug transport / ABC Transporter / Membrane Transporter / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ABC transporter, ATP-binding protein / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hohl, M. / Gruetter, M.G. / Seeger, M.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2014
タイトル: Structural basis for allosteric cross-talk between the asymmetric nucleotide binding sites of a heterodimeric ABC exporter.
著者: Hohl, M. / Hurlimann, L.M. / Bohm, S. / Schoppe, J. / Grutter, M.G. / Bordignon, E. / Seeger, M.A.
履歴
登録2014年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年8月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3814
ポリマ-132,8512
非ポリマー5312
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area51070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.330, 84.310, 115.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter / ABC transporter / ATP-binding protein / Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 65060.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0287, THEMA_03290, Tmari_0285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC3
#2: タンパク質 Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288


分子量: 67789.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC4
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 29% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM Na-cacodylate, 100mM CaCl2, 2.5mM AMP-PNP, 3mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月23日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 64231 / Num. obs: 63492 / % possible obs: 98.85 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→24.927 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2678 3181 5.01 %Random
Rwork0.2257 ---
obs0.2278 63492 98.85 %-
all-64231 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9134 0 32 0 9166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85812614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7223496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.63880.49351310.47592499X-RAY DIFFRACTION94
2.6388-2.680.47171330.43722508X-RAY DIFFRACTION97
2.68-2.72390.53031370.41992593X-RAY DIFFRACTION98
2.7239-2.77080.47281350.40322573X-RAY DIFFRACTION98
2.7708-2.82110.41871390.36572624X-RAY DIFFRACTION98
2.8211-2.87530.43911350.34042558X-RAY DIFFRACTION99
2.8753-2.93390.42961370.32652598X-RAY DIFFRACTION99
2.9339-2.99760.37541380.3032621X-RAY DIFFRACTION99
2.9976-3.06720.37521370.2982603X-RAY DIFFRACTION99
3.0672-3.14370.35181400.27812646X-RAY DIFFRACTION99
3.1437-3.22850.34331390.27112635X-RAY DIFFRACTION99
3.2285-3.32330.37191390.24922638X-RAY DIFFRACTION99
3.3233-3.43030.31841380.24322618X-RAY DIFFRACTION99
3.4303-3.55260.29051390.21872625X-RAY DIFFRACTION99
3.5526-3.69440.2341390.21972642X-RAY DIFFRACTION100
3.6944-3.8620.28911420.21112685X-RAY DIFFRACTION100
3.862-4.06480.24871370.1942593X-RAY DIFFRACTION100
4.0648-4.31820.22051390.18562650X-RAY DIFFRACTION99
4.3182-4.64960.21281420.17022686X-RAY DIFFRACTION100
4.6496-5.11390.23591390.1742632X-RAY DIFFRACTION100
5.1139-5.84560.24121400.21392664X-RAY DIFFRACTION100
5.8456-7.33360.25321420.24242699X-RAY DIFFRACTION100
7.3336-24.92840.21381440.20882721X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4265-1.0308-1.18021.60310.28442.6020.0625-0.22660.3358-0.19950.1115-0.1235-0.08910.4341-0.23750.6691-0.14780.00550.3988-0.08970.7142-29.082217.541232.4904
29.2113.5456-3.41751.3378-1.38861.95490.15521.71110.8634-0.01020.02950.50280.1059-0.9803-0.12271.0533-0.18840.06451.5071-0.06091.065-56.13956.448916.1284
37.8441-3.188-3.80374.69782.27036.13150.46450.98360.9339-0.13040.02220.0929-0.282-0.1239-0.47661.0038-0.06240.16661.0080.08321.024-22.319215.788212.3089
43.927-1.2032-2.82390.93490.64582.59050.26260.38720.4375-0.1261-0.01360.0856-0.3419-0.4614-0.28151.1689-0.12410.19360.9661-0.04041.1764-68.057130.424153.2665
55.86452.4410.31673.98870.05453.21410.02910.43110.72680.30810.07420.5239-0.2444-0.5541-0.0720.890.0970.0990.91370.04131.0811-74.822126.24960.7707
64.1777-0.09740.11446.3725-0.22122.1323-0.05920.0863-0.44250.0252-0.076-0.32770.50470.19330.05451.24130.02020.20080.78750.03461.1696-66.92513.510763.8235
77.45822.9453-3.20876.3305-2.79197.1194-0.22330.0283-1.62380.24460.39720.59761.0912-1.8344-0.08051.3563-0.14770.14441.13920.14261.3484-81.29139.074664.675
84.33881.24650.84794.8701-0.35224.2889-0.05160.79280.3385-0.6613-0.38340.6515-0.084-1.48490.33890.86060.00940.03261.3989-0.07551.4127-93.935319.614256.2582
92.21092.90013.05543.84264.01684.22330.17680.1935-0.37521.1587-0.3078-0.65051.4078-0.63020.13461.5857-0.33260.50490.9708-0.21811.5165-47.0311-16.721127.2653
100.8209-0.98960.47622.81190.16320.6236-0.25931.1719-0.2493-0.7488-0.0678-0.61410.1853-0.34180.28271.4605-0.27770.33031.6541-0.41010.8321-27.1511-3.09113.0062
113.21230.4642-0.95150.9171-0.08581.4373-0.27010.7422-0.4746-0.18670.0955-0.00020.3453-0.39170.18230.9772-0.20360.01561.047-0.23420.7672-45.3543-5.279916.03
124.1454-0.8717-2.71830.95260.00832.2992-0.477-0.2973-0.44340.30950.14450.19130.49350.23870.34850.9038-0.01630.07050.7542-0.06970.96-33.66134.420439.8534
135.63130.13430.07210.00310.11611.29410.5353-0.6611-0.52070.0697-0.48550.27820.4036-0.3833-0.01821.3926-0.31590.28861.1693-0.24241.5984-46.8782-10.338721.947
143.1452-0.0705-2.45461.23250.3872.1159-0.41370.8809-0.8722-0.1749-0.01060.57470.8134-0.76790.30850.956-0.49890.00541.5212-0.35831.2665-87.9613-5.679133.1695
152.4802-0.1778-1.40173.7212-1.10351.8549-0.00010.5244-0.27810.36020.08130.61370.613-0.69960.03761.1373-0.26720.02931.7097-0.21471.2735-92.22982.307739.2004
163.4643-1.64740.04933.9674.34536.0572-0.72920.4184-0.80761.4964-0.16662.23170.3509-0.07980.85351.5689-0.43830.2831.5662-0.11871.2061-99.6358-4.33457.4893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -2:163)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 164:252)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 253:300)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 301:354)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 355:414)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 415:491)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 492:523)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 524:569)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 10:29)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 30:77)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 78:177)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 178:289)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 290:351)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 352:485)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 486:569)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 570:593)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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