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- PDB-4q43: Polymerase-damaged DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q43
タイトルPolymerase-damaged DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*T*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*(RDG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / POLYMERASE / DNA POLYMERASE / TRANSLESION SYNTHESIS / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding ...DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KX / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kottur, J. / Sharma, A. / Nair, D.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Unique structural features in DNA polymerase IV enable efficient bypass of the N2 adduct induced by the nitrofurazone antibiotic
著者: Kottur, J. / Sharma, A. / Gore, K.R. / Narayanan, N. / Samanta, B. / Pradeepkumar, P.I. / Nair, D.T.
履歴
登録2014年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
F: DNA polymerase IV
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*(RDG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*T*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*(RDG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*T*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,37212
ポリマ－101,3426
非ポリマー1,0306
水2,180121
1
A: DNA polymerase IV
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*(RDG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*T*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1866
ポリマ－50,6713
非ポリマー5153
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
2
F: DNA polymerase IV
G: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*(RDG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*T*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1866
ポリマ－50,6713
非ポリマー5153
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.830, 56.790, 112.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AF

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinB / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BGCH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*(RDG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5588.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized DNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*T*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5492.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized DNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 127分子

#4: 化合物 ChemComp-0KX / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine


分子量: 466.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N4O12P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 39632 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IRC

4irc


解像度: 2.45→40.52 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.73 / 位相誤差: 30.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1985 4.99 %
Rwork0.214 --
obs0.217 39632 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.23 Å2 / Biso mean: 53.36 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5370 1370 60 121 6921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2169843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7622762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.48220.38361110.31072690280196
2.4822-2.51620.31681320.29712761289397
2.5162-2.55220.35021290.2752726285596
2.5522-2.59030.3321540.29462757291196
2.5903-2.63070.30611390.27842737287697
2.6307-2.67390.32141580.28042710286896
2.6739-2.720.36881570.27542754291196
2.72-2.76940.26071370.25822709284696
2.7694-2.82270.31271530.26382628278194
2.8227-2.88030.36511420.26962629277192
2.8803-2.94290.39551120.26762598271091
2.9429-3.01130.36121470.26852665281293
3.0113-3.08660.2491440.24982722286697
3.0866-3.170.31481250.23622781290697
3.17-3.26320.32571420.22312735287798
3.2632-3.36850.26121460.20542781292797
3.3685-3.48890.27551440.21332786293097
3.4889-3.62850.29621650.20832698286397
3.6285-3.79350.21421740.20952735290995
3.7935-3.99330.26871230.19552683280694
3.9933-4.24330.2081370.18182590272792
4.2433-4.57050.23621660.18062621278793
4.5705-5.02970.24931400.18762491263188
5.0297-5.75570.23951210.22283240480
5.7557-7.24480.26241160.21152470258687
7.2448-40.52250.21211220.15292468259087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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