PDB-4q41: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q41

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with L-lysine

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE / arginase-deacetylase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.199 Å

データ登録者

Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q41.cif.gz	275.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q41.ent.gz	220.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q41_validation.pdf.gz	492 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q41_full_validation.pdf.gz	506.4 KB	表示
XML形式データ	4q41_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	4q41_validation.cif.gz	70.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/4q41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/4q41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3pSC 4q3qC 4q3rC 4q3sC 4q3tC 4q3uC 4q3vC 4q40C 4q42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q3u-3 4q42-4 4q3u-1 4q3p-3 4q3q-4 4q40-2 4q3t-1 4q3v-3 4q3p-2 4q42-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.448, 177.448, 177.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-602- HOH
2	1	C-533- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: crystal soaked in 50 mM L-lysine, 0.1 M imidazole, pH 7.0, 14% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月24日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.199→50 Å / Num. all: 94329 / Num. obs: 94329 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 34.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / R_sym value: 0.123 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.199-2.28	7	0.667	3.5	9371	1	100
2.28-2.37	7	0.533	4.4	9329	1	100
2.37-2.48	7	0.405	5.6	9360	1	100
2.48-2.61	7	0.311	7.2	9406	1	100
2.61-2.77	7	0.239	8.7	9385	1	100
2.77-2.99	7	0.18	11	9388	1	100
2.99-3.29	7	0.139	12.5	9427	1	100
3.29-3.76	7	0.11	14.8	9421	1	100
3.76-4.74	6.9	0.098	15.4	9522	1	100
4.74-50	6.8	0.073	18.1	9720	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p

解像度: 2.199→49.215 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2006	4730	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1718	-	-	-
obs	0.1733	94293	99.98 %	-
all	-	94297	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.199→49.215 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10212	0	64	397	10673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	14167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.345	3895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1841

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.199-2.2238	0.2609	166	0.2353	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2238-2.2499	0.2236	162	0.2172	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2499-2.2774	0.2785	161	0.2147	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.3062	0.2681	168	0.2098	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3062-2.3365	0.2599	163	0.2164	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3365-2.3685	0.2288	155	0.2072	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3685-2.4024	0.2448	146	0.1994	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4024-2.4382	0.219	147	0.1948	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4382-2.4763	0.268	138	0.19	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4763-2.5169	0.2292	153	0.1883	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5169-2.5603	0.2234	143	0.1913	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5603-2.6069	0.2321	164	0.1909	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6069-2.657	0.2344	142	0.1903	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.657-2.7112	0.2413	178	0.1909	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7112-2.7702	0.2197	135	0.1868	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7702-2.8346	0.2214	146	0.1826	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8346-2.9055	0.2095	142	0.198	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9055-2.9841	0.2552	154	0.1958	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9841-3.0719	0.2297	169	0.1988	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0719-3.171	0.2296	185	0.1953	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.171-3.2843	0.2216	151	0.19	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2843-3.4158	0.2503	155	0.1894	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4158-3.5712	0.2065	146	0.1697	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5712-3.7594	0.1745	162	0.1671	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7594-3.9948	0.1853	176	0.1502	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9948-4.3031	0.1615	177	0.1392	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3031-4.7358	0.1616	157	0.1263	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7358-5.4204	0.1679	183	0.1398	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4204-6.8262	0.1678	153	0.1587	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8262-49.2275	0.155	153	0.1588	3146	X-RAY DIFFRACTION	100

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