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- PDB-4q3j: Crystal structure of NFkB-p65-degrading zinc protease family protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q3j
タイトルCrystal structure of NFkB-p65-degrading zinc protease family protein
要素NFkB-p65-degrading zinc protease family protein
キーワードHYDROLASE / alpha beta / cytosol
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Sousa, M.C. / Turco, M.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: The Structure and Specificity of the Type III Secretion System Effector NleC Suggest a DNA Mimicry Mechanism of Substrate Recognition.
著者: Turco, M.M. / Sousa, M.C.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NFkB-p65-degrading zinc protease family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4793
ポリマ－37,3891
非ポリマー902
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.205, 67.480, 81.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NFkB-p65-degrading zinc protease family protein


分子量: 37388.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Sakai / 遺伝子: S1M_1031 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U1C6A4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG-3350, 50 mM Mg(CHO2)2, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.2574,1.2831,1.2835
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25741
21.28311
31.28351
反射解像度: 1.862→50 Å / Num. all: 21559 / Num. obs: 19840 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.autosol: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.862→34.942 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 1905 9.6 %Random
Rwork0.1795 ---
obs0.1833 19840 91.98 %-
all-21559 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.619 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9042 Å2-0 Å20 Å2
2---5.6521 Å2-0 Å2
3---6.5563 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.862→34.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2067 0 2 186 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9932877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.103786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8619-1.90850.41171090.32011051X-RAY DIFFRACTION77
1.9085-1.960.31281190.2541173X-RAY DIFFRACTION85
1.96-2.01770.27491330.21491254X-RAY DIFFRACTION92
2.0177-2.08280.28321370.22081273X-RAY DIFFRACTION92
2.0828-2.15730.23341430.18561316X-RAY DIFFRACTION96
2.1573-2.24360.27171350.21071275X-RAY DIFFRACTION93
2.2436-2.34570.25091370.18361295X-RAY DIFFRACTION94
2.3457-2.46940.25291410.18131328X-RAY DIFFRACTION96
2.4694-2.6240.20191440.16541342X-RAY DIFFRACTION96
2.624-2.82650.19351410.16881346X-RAY DIFFRACTION96
2.8265-3.11080.20581410.1741309X-RAY DIFFRACTION95
3.1108-3.56060.22241420.1671323X-RAY DIFFRACTION94
3.5606-4.48450.19021410.14731317X-RAY DIFFRACTION92
4.4845-34.9480.14951420.16341333X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.0022 Å / Origin y: 28.7335 Å / Origin z: 51.6032 Å
111213212223313233
T0.0758 Å2-0.0121 Å2-0.0077 Å2-0.1292 Å20.0055 Å2--0.097 Å2
L1.1147 °2-0.3549 °2-0.3603 °2-2.1839 °20.7131 °2--1.1421 °2
S0.0165 Å °-0.0449 Å °-0.0019 Å °0.0744 Å °0.0148 Å °-0.1152 Å °-0.0148 Å °0.0745 Å °-0.0032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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