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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q3f | ||||||
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タイトル | Human D-DT complexed with tartrate | ||||||
要素 | D-dopachrome decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / Tautomerase / cd74 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rajasekaran, D. / Lolis, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Faseb J. / 年: 2014 タイトル: Targeting distinct tautomerase sites of D-DT and MIF with a single molecule for inhibition of neutrophil lung recruitment. 著者: Rajasekaran, D. / Zierow, S. / Syed, M. / Bucala, R. / Bhandari, V. / Lolis, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q3f.cif.gz | 89.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q3f.ent.gz | 68.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4q3f_validation.pdf.gz | 445.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4q3f_full_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4q3f_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4q3f_validation.cif.gz | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→29.13 Å / Num. all: 74442 / Num. obs: 27672 / % possible obs: 93.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→29.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.517 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.236 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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