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万見
- PDB-4q3b: PylD cocrystallized with L-Lysine-Ne-D-lysine and NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q3b
タイトルPylD cocrystallized with L-Lysine-Ne-D-lysine and NAD+
要素PYLD, pyrrolysine synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Dehydrogenase / Pyrrolysine
機能・相同性
機能・相同性情報


Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12150 / Pyrrolysine biosynthesis protein PylD / : / Pyrrolysine biosynthesis protein PylD, N-terminal domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2YF / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pyrrolysine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina barkeri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Quitterer, F. / Beck, P. / Bacher, A. / Groll, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: The Formation of Pyrroline and Tetrahydropyridine Rings in Amino Acids Catalyzed by Pyrrolysine Synthase (PylD).
著者: Quitterer, F. / Beck, P. / Bacher, A. / Groll, M.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年8月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYLD, pyrrolysine synthase
B: PYLD, pyrrolysine synthase
C: PYLD, pyrrolysine synthase
D: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,80044
ポリマ－111,8554
非ポリマー5,94440
水6,269348
1
A: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,73114
ポリマ－27,9641
非ポリマー1,76713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,98917
ポリマ－27,9641
非ポリマー2,02516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0567
ポリマ－27,9641
非ポリマー1,0926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0246
ポリマ－27,9641
非ポリマー1,0605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子

B: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,72031
ポリマ－55,9282
非ポリマー3,79229
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
6
C: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子

D: PYLD, pyrrolysine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,08013
ポリマ－55,9282
非ポリマー2,15211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.640, 261.170, 48.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1014-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.983188, 0.182425, 0.00791), (-0.182411, -0.983219, 0.002447), (0.008223, 0.000963, 0.999966)-1.4535, 134.38841, 15.34731
3given(-0.537452, -0.038297, 0.842424), (0.021169, 0.998041, 0.058878), (-0.843028, 0.049478, -0.535589)13.32848, -62.71849, 24.21263
4given(0.527024, 0.180099, 0.830548), (0.115779, -0.983391, 0.139774), (0.841927, 0.022496, -0.539122)-18.97777, 67.75294, 22.28746

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PYLD, pyrrolysine synthase


分子量: 27963.822 Da / 分子数: 4 / 断片: full length / 変異: wild type / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: Fusaro / 遺伝子: Mbar_A0835 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46E80, Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor

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非ポリマー , 8種, 388分子

#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 断片: full length / 変異: wild type / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
参照: Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 断片: full length / 変異: wild type / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
参照: Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 断片: full length / 変異: wild type / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
参照: Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor
#5: 化合物
ChemComp-2YF / N~6~-[(2R)-2,3,4,5-tetrahydropyridin-2-ylcarbonyl]-L-lysine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 255.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N3O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS; 27% PEG3350; 0.2 M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 89561 / Num. obs: 84511 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4Q39

4q39


解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.456 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22154 4195 5 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.18512 79704 93.78 %-
all-83899 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.002 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7848 0 391 348 8587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198368
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4272.02311344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.782318424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11525.802324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.981151328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.61520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021736
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 310 -
Rwork0.259 5883 -
obs--97.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61230.18880.04670.2899-0.09440.07260.0248-0.0443-0.0345-0.007-0.0349-0.0750.0095-0.03260.01010.2824-0.0092-0.0040.21550.02440.03831.98951.89223.134
20.64410.0651-0.29020.3013-0.15970.20740.01650.0090.0467-0.00680.05430.0992-0.01290.0135-0.07090.27990.01830.00720.21410.04760.053511.72981.7527.611
31.70570.0035-0.39090.4132-0.08220.2378-0.0304-0.02220.1880.02390.1010.15280.02610.0505-0.07060.25010.046-0.0110.06670.06950.27069.428114.762-2.226
40.69190.36380.52810.72130.06980.5115-0.0225-0.0163-0.20710.00170.0685-0.2289-0.0683-0.0427-0.04590.2288-0.00810.00920.0124-0.02190.31369.92419.39414.739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 259
2X-RAY DIFFRACTION1A901 - 913
3X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1149
4X-RAY DIFFRACTION2B0 - 259
5X-RAY DIFFRACTION2B901 - 916
6X-RAY DIFFRACTION2B1001 - 1134
7X-RAY DIFFRACTION3C0 - 259
8X-RAY DIFFRACTION3C901 - 906
9X-RAY DIFFRACTION3C1001 - 1034
10X-RAY DIFFRACTION4D0 - 259
11X-RAY DIFFRACTION4D901 - 905
12X-RAY DIFFRACTION4D1001 - 1031

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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