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万見
- PDB-4q35: Structure of a membrane protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q35
タイトルStructure of a membrane protein
要素(LPS-assembly ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex / 26 beita-sheet / LPS biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain ...Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Huang, Y. / Qiao, S. / Luo, Q. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for lipopolysaccharide insertion in the bacterial outer membrane.
著者: Qiao, S. / Luo, Q. / Zhao, Y. / Zhang, X.C. / Huang, Y.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22019年12月25日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,46124
ポリマ－111,1522
非ポリマー4,30922
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area44060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.823, 116.620, 68.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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LPS-assembly ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD


分子量: 91643.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: lptD, imp, ostA, SF0051, S0053 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83SQ0
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 19509.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: lptE, rlpB, SF0640, S0662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83LX4

-
非ポリマー , 4種, 550分子

#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10 mM sodium citrate (pH 5.6), 300mM lithium sulfate, 8% PEG 400, 100mM glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97906 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97906 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.393→50 Å / Num. all: 71148 / Num. obs: 71148 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.124
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.4-2.59199.6
2.59-3.02199.6
3.02-3.58199.6
3.58-4.1199.6
4.1-5.17199.6
5.17-50199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.393→40.628 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 3666 5.15 %random
Rwork0.1863 ---
obs0.1886 71127 98.74 %-
all-71148 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→40.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7307 0 258 528 8093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25610554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4612946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061369
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3928-2.42430.3077980.2388197375
2.4243-2.45750.28431580.2234255899
2.4575-2.49260.27461440.2152619100
2.4926-2.52980.27371530.2106259199
2.5298-2.56930.30121120.20182618100
2.5693-2.61140.25951460.2008261899
2.6114-2.65650.24341270.19432594100
2.6565-2.70470.25511330.1892639100
2.7047-2.75680.24351410.195261599
2.7568-2.8130.26221280.18472609100
2.813-2.87420.25171610.19812588100
2.8742-2.9410.26321350.19722629100
2.941-3.01450.26421470.19932606100
3.0145-3.0960.24841510.19542625100
3.096-3.18710.22161530.1872616100
3.1871-3.28990.23961450.1772599100
3.2899-3.40740.23191130.1832664100
3.4074-3.54380.21251540.17622594100
3.5438-3.7050.19671670.17022602100
3.705-3.90020.24611340.17432643100
3.9002-4.14430.23531310.18192637100
4.1443-4.46390.21381420.16432648100
4.4639-4.91240.17261560.1479257699
4.9124-5.62170.20951530.17852658100
5.6217-7.07660.24941270.20652656100
7.0766-40.63350.19321570.20412686100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01850.00990.0080.03380.01030.0013-0.0032-0.00040.02340.00880.06030.0465-0.0172-0.12940.0296-0.16610.0174-0.05530.2655-0.06450.237427.2165-3.7641.9253
20.02030.005-0.00450.07810.05810.05850.05410.0056-0.00680.00680.014-0.01980.03910.0170.08260.1730.04420.0280.01230.00760.045962.048410.78520.0389
30.0942-0.031-0.04640.12160.00450.04650.0612-0.0470.05310.05280.0103-0.04430.03480.04480.07080.07390.0633-0.03070.00210.00890.064361.569437.298420.9814
40.0043-0-0.00280.00130.00070.0011-0.0031-0.0086-0.01530.0027-0.00570.00670.0099-0.024900.11020.03820.0540.1718-0.00540.214537.19336.83730.708
50.0009-0.0005-0.00040.0008-0.00090.0015-0.0022-0.00250.0047-0.0006-0.00330.00810.00040.004-00.10270.00880.05810.17860.02990.141944.32231.60620.532
60.007700.00170.0121-0.01590.02910.0120.0009-0.00150.00290.02040.01750.0131-0.04240.02810.00240.03660.01470.0785-0.00090.0852.70333.30920.992
70.001-0.0023-0.0040.0340.02980.02790.00390.00190.02030.02770.0370.0240.01810.01230.02980.05940.02350.02160.10160.03530.05436.00443.94716.122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 26:231 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 232:387 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 388:784 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 1020:1045 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 1046:1072 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 1073:1129 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1130:1149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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