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- PDB-4q2w: Crystal Structure of pneumococcal peptidoglycan hydrolase LytB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q2w
タイトルCrystal Structure of pneumococcal peptidoglycan hydrolase LytB
要素Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidaseEndoglycosidase H
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / all-beta module / GH73
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan hydrolase LytB, WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB, WW domain / Peptidoglycan hydrolase LytB WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB SH3 domain / Choline-binding repeat / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bai, X.H. / Chen, H.J. / Jiang, Y.L. / Wen, Z. / Cheng, W. / Li, Q. / Zhang, J.R. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of pneumococcal peptidoglycan hydrolase LytB reveals insights into the bacterial cell wall remodeling and pathogenesis.
著者: Bai, X.H. / Chen, H.J. / Jiang, Y.L. / Wen, Z. / Huang, Y. / Cheng, W. / Li, Q. / Qi, L. / Zhang, J.R. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4455
ポリマ－33,0771
非ポリマー3684
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.828, 44.593, 52.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Endoglycosidase H / peptidoglycan hydrolase / Murein hydrolase


分子量: 33077.027 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 375-658 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: lytB, SP_0965 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/B834(DE3)
参照: UniProt: P59205, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 6000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 34504 / Num. obs: 33952 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.855
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2.167 / Num. unique all: 3070 / Rsym value: 0.656 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→33.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21726 1626 5 %RANDOM
Rwork0.18058 ---
all0.18058 32768 --
obs0.18252 30697 93.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2095 0 24 171 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9592910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72234614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.065261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66425.094106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14815354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.66156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8813.5151050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8753.5141049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.875.261309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8715.2611310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4513.8871112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4513.8871112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9995.6841602
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.41229.4892603
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.22129.1092544
LS精密化 シェル解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 89 -
Rwork0.338 1707 -
obs--71.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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