PDB-4q2u: Crystal structure of the E. coli DinJ-YafQ toxin-antitoxin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q2u

タイトル

Crystal structure of the E. coli DinJ-YafQ toxin-antitoxin complex

要素

Antitoxin DinJ
mRNA interferase YafQ

キーワード

TOXIN/TOXIN REPRESSOR / Bacterial Toxin-Antitoxin complex / Translation control / RHH motif /

Ribonuclease (リボヌクレアーゼ) /

DNA binding (デオキシリボ核酸) /

Ribosome binding (リボソーム) / TOXIN-TOXIN REPRESSOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-regulatory region sequence-specific DNA binding => GO:0000987 / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process /

toxic substance binding / translational termination / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Maehigashi, T. / Ruangprasert, A. / Dunham, C.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Mechanisms of Toxin Inhibition and Transcriptional Repression by Escherichia coli DinJ-YafQ.
著者: Ruangprasert, A. / Maehigashi, T. / Miles, S.J. / Giridharan, N. / Liu, J.X. / Dunham, C.M.

履歴

登録	2014年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q2u.cif.gz	592.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q2u.ent.gz	515 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2u	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4ml0-4 4ml0-1 4ml0-3 6vv2-d 3l0w-d 2ozg-d 4ml0-2 3l10-d 2fep-d 7bvi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antitoxin DinJ

B: mRNA interferase YafQ

C: Antitoxin DinJ

D: mRNA interferase YafQ

E: Antitoxin DinJ

F: mRNA interferase YafQ

G: Antitoxin DinJ

H: mRNA interferase YafQ

I: Antitoxin DinJ

J: mRNA interferase YafQ

K: Antitoxin DinJ

L: mRNA interferase YafQ

M: Antitoxin DinJ

N: mRNA interferase YafQ

O: Antitoxin DinJ

P: mRNA interferase YafQ

ヘテロ分子

179 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Antitoxin DinJ

B: mRNA interferase YafQ

O: Antitoxin DinJ

P: mRNA interferase YafQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Antitoxin DinJ

D: mRNA interferase YafQ

K: Antitoxin DinJ

L: mRNA interferase YafQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 4 ポリマー
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3

E: Antitoxin DinJ

F: mRNA interferase YafQ

I: Antitoxin DinJ

J: mRNA interferase YafQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 4 ポリマー
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4

G: Antitoxin DinJ

H: mRNA interferase YafQ

M: Antitoxin DinJ

N: mRNA interferase YafQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.540, 120.920, 120.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Antitoxin DinJ 分子量: 9512.576 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinJ, b0226, JW0216 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47150
#2: タンパク質	mRNA interferase YafQ / Endoribonuclease YafQ / Toxin YafQ 分子量: 12221.604 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yafQ, b0225, JW0215 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q47149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.9-2.3M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日
放射	モノクロメーター: KOHZU DIAMOND MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 353442 / Num. obs: 353442 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.4 Å² / R_sym value: 0.092
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / R_sym value: 0.614 / % possible all: 94.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→43.906 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	3563	1.06 %
R_work	0.1781	-	-
obs	0.1785	335490	95.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11137	0	245	1142	12524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	11662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.424	15771
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.809	4408
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	1743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8247	0.3534	115	0.3219	11781	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8247-1.8507	0.3738	148	0.3105	12806	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8507-1.8784	0.3069	135	0.2944	13196	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8784-1.9077	0.2865	148	0.2823	13157	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9077-1.939	0.2834	138	0.2751	13416	X-RAY DIFFRACTION	96
1.939-1.9724	0.3167	148	0.2663	13327	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9724-2.0083	0.2411	154	0.2493	13404	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0083-2.0469	0.2831	141	0.2302	13431	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0469-2.0887	0.2563	137	0.2151	13390	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0887-2.1341	0.2469	151	0.2026	13436	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1341-2.1837	0.2057	138	0.1861	13503	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1837-2.2384	0.2146	155	0.1845	13518	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2384-2.2989	0.204	139	0.1752	13434	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2989-2.3665	0.2338	159	0.1789	13448	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3665-2.4429	0.2248	130	0.1795	13486	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4429-2.5302	0.2262	157	0.1739	13405	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5302-2.6315	0.2212	127	0.1655	13520	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6315-2.7512	0.259	156	0.1642	13444	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7512-2.8963	0.1728	138	0.1592	13438	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8963-3.0777	0.2102	135	0.1563	13330	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0777-3.3152	0.2108	155	0.1603	13345	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3152-3.6487	0.1775	147	0.1401	13313	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6487-4.1763	0.1331	146	0.1298	13202	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1763-5.2603	0.1843	135	0.1362	12985	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2603-43.9187	0.2174	131	0.1868	13212	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0326	0.1113	0.0311	0.2061	0.1022	0.1487	-0.2243	0.0564	-0.2288	0.289	0.1082	0.133	-0.1425	0.0924	-0	0.1681	0.0252	0.0206	0.1729	0.0011	0.1591	21.4378	114.9174	16.7113
2	0.1202	0.077	-0.0591	0.179	0.1342	0.0762	-0.0793	-0.1836	0.1652	0.18	0.0977	-0.0634	-0.1413	0.1023	-0	0.1628	0.0065	-0.0069	0.1832	-0.0257	0.2065	36.3291	119.1281	13.2355
3	-0.1092	-0.0258	-0.2628	0.3141	0.3338	0.2249	0.0327	-0.0074	0.0662	0.0241	0.0422	-0.0963	0.0149	0.0723	0	0.1401	0.0231	-0.0099	0.136	-0.021	0.1498	30.4248	106.9867	-0.312
4	0.0998	-0.027	-0.0675	0.0002	0.0559	0.0512	-0.124	0.2545	-0.292	-0.0824	0.0932	-0.1758	0.0377	0.0743	-0.0007	0.2235	0.0007	-0.0109	0.2167	-0.0155	0.1523	36.9545	86.0786	-18.8865
5	0.0534	0.0207	-0.0221	0.0159	-0.0086	0.0261	0.2203	0.435	-0.3861	-0.185	-0.0456	0.2382	0.2197	-0.3228	0.025	0.2722	0.0123	-0.0645	0.2051	-0.0456	0.2042	26.1232	86.82	-21.6857
6	-0.0031	-0.0026	0.0224	0.077	0.0459	0.0682	0.1857	0.3535	-0.2681	-0.1093	-0.1147	-0.0891	-0.0501	0.2632	0.0007	0.1864	0.0427	-0	0.2615	-0.0329	0.136	36.5136	92.5452	-21.5207
7	0.0371	-0.0498	0.0424	0.037	-0.0432	0.0179	0.0573	-0.0234	0.0091	0.0358	-0.0379	-0.0136	0.1223	-0.0351	-0	0.1536	-0.0058	-0.0138	0.1147	-0.0002	0.1579	25.574	87.649	-9.1499
8	0.0362	-0.1467	0.0513	0.193	0.0054	0.1411	-0.0443	-0.0269	0.0199	-0.057	0.0963	0.1141	0.1326	-0.0769	0.003	0.136	0.0123	-0.0301	0.2001	-0.0035	0.136	21.604	95.8199	-15.8619
9	0.0289	-0.005	0.0472	0.035	0.0033	0.0389	-0.0302	0.0596	0.1106	-0.2218	-0.0875	-0.0149	-0.1438	-0.1159	-0	0.1742	0.0187	-0.0003	0.1559	0.0082	0.1827	28.4846	106.5258	-20.9373
10	0.1119	0.1394	-0.0938	0.2617	0.002	0.3408	0.0579	-0.0952	0.0002	0.1882	-0.0315	-0.1682	-0.2833	0.1357	0.0767	0.1241	-0.0243	-0.0332	0.1649	-0.0183	0.1825	37.5835	104.7503	-8.6174
11	0.1061	-0.0109	0.1071	0.2516	0.1518	0.0806	0.0098	-0.1661	0.029	0.0584	-0.0604	-0.0041	-0.0108	-0.0478	-0.0307	0.086	0.0218	-0.0083	0.126	-0.0145	0.1137	29.589	101.0937	-10.8477
12	0.3097	0.0569	0.3436	0.3917	0.1374	0.2719	0.01	0.028	-0.0283	0.0321	-0.0209	-0.059	0.059	-0.0076	0	0.1127	0.013	-0.0143	0.1306	0.001	0.1144	33.6236	96.7205	-10.6366
13	0.1607	0.0951	-0.0418	0.2354	0.1491	0.0929	0.0283	-0.0657	-0.1016	0.1028	0.0709	0.2654	0.0143	-0.1204	-0.0094	0.1708	0.0328	0.0248	0.2124	0.0415	0.143	-8.3603	85.1519	70.4587
14	0.0437	0.0353	-0.0339	0.0838	0.0296	0.0161	-0.0068	0.1847	-0.0732	0.0053	0.0453	0.1538	0.1224	-0.1461	0	0.202	-0.024	-0.0113	0.1723	0.0031	0.1804	-6.7037	80.7379	55.6159
15	0.0927	0.2984	-0.1807	0.3149	0.0474	0.139	-0.0392	0.0485	0.0454	-0.0659	0.0251	0.0684	0.0671	-0.0079	-0.0045	0.1208	-0.0081	-0.0111	0.139	0.0265	0.1393	7.1058	93.4182	59.2385
16	0.0343	0.03	-0.0343	0.0374	-0.0201	0.0606	-0.0863	0.158	0.1021	-0.0954	0.0566	-0.1053	-0.3801	0.2078	-0	0.1814	-0.0463	-0.027	0.2052	0.0179	0.2128	23.6447	114.7379	50.095
17	0.0116	-0.024	-0.0084	0.0162	0.0179	0.0181	-0.1509	-0.0848	0.2013	0.0561	-0.0744	-0.2234	-0.4397	0.4267	0	0.2065	-0.0679	-0.0577	0.2538	0.0098	0.291	27.9248	114.4001	60.4806
18	0.7267	0.0121	-0.0372	0.2946	-0.1462	0.296	-0.2475	0.3863	0.013	-0.0373	-0.0743	-0.104	-0.2198	0.4324	-0.0466	0.1359	-0.034	0.0015	0.3412	0.0361	0.1777	26.206	108.5026	50.2145
19	0.0229	-0.0167	-0.0205	0.0449	-0.0359	0.0318	0.0184	0.0078	0.1456	0.0233	0.0158	-0.0142	-0.0947	0.0222	-0	0.1581	0.0028	-0.0198	0.1498	0.0019	0.1606	15.5963	113.1503	62.6202
20	0.1116	-0.0946	0.1013	0.177	-0.0946	0.1858	-0.1049	-0.1016	0.1329	0.2153	0.1242	-0.0821	0.013	-0.0158	0.0296	0.146	0.0208	-0.0417	0.2374	0.0221	0.1513	23.8003	105.1749	65.6874
21	0.0457	-0.0056	0.0413	0.0367	-0.0305	0.0096	0.0726	-0.1299	-0.1692	-0.2014	-0.1399	-0.1068	0.3271	0.3253	0	0.2151	0.0568	0.0027	0.213	0.0377	0.2119	27.8545	94.7173	58.7702
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resseq 45:55)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resseq 56:66)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resseq 67:76)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resseq 77:86)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resseq 3:9)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resseq 10:21)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resseq 22:37)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resseq 38:47)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resseq 48:58)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resseq 59:74)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resseq 75:92)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resseq 3:12)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resseq 13:29)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resseq 30:44)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'I' and (resseq 45:66)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'I' and (resseq 67:76)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'I' and (resseq 77:86)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resseq 3:9)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resseq 10:21)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resseq 22:37)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'J' and (resseq 38:47)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'J' and (resseq 48:58)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'J' and (resseq 59:92)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resseq 2:9)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resseq 10:21)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resseq 22:37)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'L' and (resseq 38:47)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'L' and (resseq 48:58)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'L' and (resseq 59:74)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'L' and (resseq 75:92)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'K' and (resseq 4:12)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'K' and (resseq 13:29)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'K' and (resseq 30:66)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'K' and (resseq 67:76)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'K' and (resseq 77:86)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'M' and (resseq 4:12)
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'M' and (resseq 13:29)
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'M' and (resseq 30:44)
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'M' and (resseq 45:55)
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'M' and (resseq 56:66)
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'M' and (resseq 67:76)
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'M' and (resseq 77:86)
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'N' and (resseq 3:9)
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'N' and (resseq 10:21)
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99	X-RAY DIFFRACTION	99	chain 'P' and (resseq 59:74)
100	X-RAY DIFFRACTION	100	chain 'P' and (resseq 75:85)
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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