PDB-4q20: Crystal structure of a C-terminal part of tyrosine kinase (DivL) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q20

タイトル

Crystal structure of a C-terminal part of tyrosine kinase (DivL) from Caulobacter crescentus CB15 at 2.50 A resolution (PSI Community Target, Shapiro)

要素

Sensor protein DivL

キーワード

TRANSFERASE / Signal transduction / two-component regulatory system / HisKA domain / GHKL domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter crescentus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2014
タイトル: Cell fate regulation governed by a repurposed bacterial histidine kinase.
著者: Childers, W.S. / Xu, Q. / Mann, T.H. / Mathews, I.I. / Blair, J.A. / Deacon, A.M. / Shapiro, L.

履歴

登録	2014年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年4月23日	ID: 4EW8
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q20.cif.gz	187.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q20.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q20_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q20_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	4q20_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	4q20_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6zq1-d 6zpv-d 5v6y-2 3wmw-d 5v6y-1 3a8j-2 6zpy-d 3hvd-2 1gwb-d 3a8j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-424729

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Sensor protein DivL

B: Sensor protein DivL

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.530, 69.530, 194.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Sensor protein DivL 分子量: 28864.488 Da / 分子数: 2 / 断片: Histidine kinase domain residues 523-769 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: divL, CC_3484 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQQ9, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT (RESIDUES 523-769) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.35	47.66	THE STRUCTURE WAS SOLVED USING FOUR WAVELENGTH MAD PHASES FROM A HEAVY ATOM (AU) DERIVATIVE OF ANOTHER CRYSTAL. THE PHASING CRYSTAL DIFFRACTED TO 3.2 A. TO OBTAIN HEAVY ATOM DERIVATIVES, CRYSTALS WERE SOAKED IN CRYO SOLUTION CONTAINING 0.01 M POTASSIUM DICYANOAURATE FOR 10 MINUTES.
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG 10K, 0.1 M HEPES pH 7.5, MG and ADP, both at 5 mM concentrations, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	1	0.9795
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	2	1.0397,0.8731,1.04,1.0436

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2011年4月25日	Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2011年3月28日	Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal Si(111)	MAD	M	x-ray	1
2	double crystal Si(111)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	1.0397	1
3	0.8731	1
4	1.04	1
5	1.0436	1

反射

解像度: 2.5→44.112 Å / Num. obs: 19457 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 87.218 Å² / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 27.12

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.6	0.011	2.1	14784	2102	1,2	99
2.6-2.69	0.011	3.5	12372	1660	1,2	99.5
2.69-2.8	0.011	5.7	12125	1714	1,2	98.7
2.8-2.93	0.011	8.8	12931	1738	1,2	99.5
2.93-3.08	0.011	12.5	12787	1668	1,2	99.6
3.08-3.27	0.011	18.4	12662	1706	1,2	99.8
3.27-3.52	0.011	30	12531	1722	1,2	99.4
3.52-3.88	0.011	41.6	11686	1773	1,2	99.2
3.88-4.43	0.011	54.4	12119	1712	1,2	99.7
4.43-5.57	0.011	57.3	11194	1778	1,2	98.6
5.57-44.11	0.011	63.6	12066	1884	1,2	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
XSCALE	December 6, 2010	データスケーリング
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.112 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9501 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU R CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT (AUTONCS). 3. DUE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2316	965	4.96 %	RANDOM
R_work	0.2017	-	-	-
obs	0.2032	19452	99.14 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.81 Å² / B_iso mean: 107.0939 Å² / B_iso min: 56.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.2702 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.2702 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.5404 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.538 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3406	0	0	19	3425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1632	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	93	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	519	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3451	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	451	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3728	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3451	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4674	HARMONIC	2	1.06
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.5
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.83

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.63 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	132	4.78 %
R_work	0.2343	2630	-
all	0.2359	2762	-
obs	-	-	99.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7796	0.5904	-0.1733	3.8992	1.444	3.658	-0.1106	-0.0971	0.2117	0.2253	0.0764	0.0532	-0.3598	-0.4071	0.0342	0.0048	0.2056	-0.0127	-0.1154	0.0024	-0.115	10.6059	41.5197	54.474
2	3.6734	-1.0398	-1.9878	2.9942	-1.3515	4.6114	-0.0957	0.2891	-0.0195	-0.0284	-0.1998	0.0873	0.1994	-0.0321	0.2955	-0.0845	0.1059	-0.0372	-0.0447	-0.0081	-0.1684	11.4921	33.1806	41.2047
3	5.1826	0.6876	3.085	4.9953	-0.1294	5.6139	0.3369	0.153	-0.7327	-0.5358	0.0964	0.2054	0.576	-0.2959	-0.4333	0.0407	0.1301	-0.1985	-0.2496	0.0398	0.1358	7.9052	42.9687	27.7129
4	2.3776	-0.4797	-0.624	3.7714	1.289	3.0167	-0.1156	-0.1838	0.2155	0.1853	0.1931	-0.1607	0.0034	0.426	-0.0776	-0.0761	0.1386	-0.0373	0.0045	-0.027	-0.1636	19.1798	35.8576	48.5807
5	3.5369	-0.2231	-0.6072	0.6466	-1.6886	3.2084	-0.235	-0.6022	-0.1422	0.2854	0.1795	-0.2123	0.5085	-0.2311	0.0554	-0.0138	0.2145	-0.0468	-0.0872	0.0406	-0.293	13.6153	26.8172	55.4725
6	7.9925	0.367	-1.3969	8.013	-1.9685	6.5096	0.2573	-0.2999	-0.6812	0.2648	-0.3273	0.0913	0.285	-0.4639	0.07	-0.2516	-0.1451	-0.1638	0.0413	0.04	-0.304	22.8901	24.6127	72.5616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|526 - 570}	A	526 - 570
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|573 - 609}	A	573 - 609
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|610 - 758}	A	610 - 758
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|526 - 570}	B	526 - 570
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|573 - 609}	B	573 - 609
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|610 - 756}	B	610 - 756

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