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- PDB-4q1q: Crystal structure of TibC-catalyzed hyper-glycosylated TibA55-350... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q1q
タイトルCrystal structure of TibC-catalyzed hyper-glycosylated TibA55-350 fragment
要素Adhesin/invasin TibA autotransporter
キーワードCELL ADHESION / Beta-helix / Adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / : / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel ...Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / : / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / Autotransporter adhesin/invasin TibA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Yao, Q. / Lu, Q. / Shao, F.
引用
ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2014
タイトル: An iron-containing dodecameric heptosyltransferase family modifies bacterial autotransporters in pathogenesis
著者: Lu, Q. / Yao, Q. / Xu, Y. / Li, L. / Li, S. / Liu, Y. / Gao, W. / Niu, M. / Sharon, M. / Ben-Nissan, G. / Zamyatina, A. / Liu, X. / Chen, S. / Shao, F.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A structural mechanism for bacterial autotransporter glycosylation by a dodecameric heptosyltransferase family.
著者: Qing Yao / Qiuhe Lu / Xiaobo Wan / Feng Song / Yue Xu / Mo Hu / Alla Zamyatina / Xiaoyun Liu / Niu Huang / Ping Zhu / Feng Shao /
要旨: A large group of bacterial virulence autotransporters including AIDA-I from diffusely adhering E. coli (DAEC) and TibA from enterotoxigenic E. coli (ETEC) require hyperglycosylation for functioning. ...A large group of bacterial virulence autotransporters including AIDA-I from diffusely adhering E. coli (DAEC) and TibA from enterotoxigenic E. coli (ETEC) require hyperglycosylation for functioning. Here we demonstrate that TibC from ETEC harbors a heptosyltransferase activity on TibA and AIDA-I, defining a large family of bacterial autotransporter heptosyltransferases (BAHTs). The crystal structure of TibC reveals a characteristic ring-shape dodecamer. The protomer features an N-terminal β-barrel, a catalytic domain, a β-hairpin thumb, and a unique iron-finger motif. The iron-finger motif contributes to back-to-back dimerization; six dimers form the ring through β-hairpin thumb-mediated hand-in-hand contact. The structure of ADP-D-glycero-β-D-manno-heptose (ADP-D,D-heptose)-bound TibC reveals a sugar transfer mechanism and also the ligand stereoselectivity determinant. Electron-cryomicroscopy analyses uncover a TibC-TibA dodecamer/hexamer assembly with two enzyme molecules binding to one TibA substrate. The complex structure also highlights a high efficient hyperglycosylation of six autotransporter substrates simultaneously by the dodecamer enzyme complex.
履歴
登録2014年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22020年6月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn ...pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin/invasin TibA autotransporter
B: Adhesin/invasin TibA autotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,05772
ポリマ－60,3442
非ポリマー14,71370
水1,33374
1
A: Adhesin/invasin TibA autotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52936
ポリマ－30,1721
非ポリマー7,35635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adhesin/invasin TibA autotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52936
ポリマ－30,1721
非ポリマー7,35635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.807, 62.166, 97.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adhesin/invasin TibA autotransporter / Adhesin/invasin TibA / Glycoprotein TibA / Adhesin/invasin TibA translocator


分子量: 30172.199 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 55-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ETEC H10407 / 遺伝子: tibA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9XD84
#2: 糖...
ChemComp-289 / D-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / D-glycero-alpha-D-manno-heptose / D-glycero-D-manno-heptose / D-glycero-manno-heptose / α-D-glycero-D-manno-ヘプトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 210.182 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O7
識別子タイププログラム
D-gro-a-D-manHeppIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
DDmanHepSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 100mM magnesium acetate, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 31760 / Num. obs: 31569 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化開始モデル: SAD

解像度: 2.11→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.778 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1598 5.1 %RANDOM
Rwork0.2055 29958 --
obs0.2076 31556 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.95 Å2 / Biso mean: 55.873 Å2 / Biso min: 28.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.48 Å20 Å2-1.75 Å2
2--2.63 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3728 0 910 74 4712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8642.1346344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7739646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7435546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.02124.848132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24515524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9961516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02884
LS精密化 シェル解像度: 2.112→2.167 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 86 -
Rwork0.275 1831 -
all-1917 -
obs--80.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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