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万見
- PDB-4q12: Crystal structure of a putative uncharacterized protein Rv3404c a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q12
タイトルCrystal structure of a putative uncharacterized protein Rv3404c and likely sugar N-formyltransferase from Mycobacterium tuberculosis bound to uridine diphosphate
要素Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512
キーワードTRANSFERASE / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / National Institute for Allergy and Infectious Diseases / cell wall biogenesis / sugar formyl transferase / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; HOCH2-ヒドロキシメチル基またはHCO-ホルミル基を移すもの / conversion of methionyl-tRNA to N-formyl-methionyl-tRNA / hydroxymethyl-, formyl- and related transferase activity / methionyl-tRNA formyltransferase activity / biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-formyltransferase dimerization C-terminal domain / N-formyltransferase dimerization C-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose formyltransferase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative uncharacterized protein Rv3404c and likely sugar N-formyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512
B: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,22013
ポリマ－57,8792
非ポリマー1,34011
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.940, 271.940, 271.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 230 / Label seq-ID: 22 - 251

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512


分子量: 28939.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT3512, MTCY78.24, Rv3404c / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P65073, UniProt: P9WKZ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MytuD.17389.a.A1.PW30616 at 19 mg/mL with 2 mM UDP against CHST screen condition E1, 2.0 M NaCl, 10% PEG 6000 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 253215e1, unique ...詳細: MytuD.17389.a.A1.PW30616 at 19 mg/mL with 2 mM UDP against CHST screen condition E1, 2.0 M NaCl, 10% PEG 6000 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 253215e1, unique puck ID tbx9-1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 40080 / Num. obs: 40065 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.6 % / Biso Wilson estimate: 35.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 21.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.85-2.920.6545.9736562915100
2.92-30.5516.94718882848100
3-3.090.4528.57696332756100
3.09-3.190.37210.29682382707100
3.19-3.290.27713.59653582597100
3.29-3.410.23415.98635882538100
3.41-3.540.19818.55609632441100
3.54-3.680.16621.68583192355100
3.68-3.840.14724.08556842254100
3.84-4.030.13525.73534232174100
4.03-4.250.11629.36505702071100
4.25-4.510.10531.98475631958100
4.51-4.820.09534.12447211849100
4.82-5.20.09433.9419641729100
5.2-5.70.09932.64388411596100
5.7-6.370.131.04356421464100
6.37-7.360.08734.04312391298100
7.36-9.010.06740.69262301110100
9.01-12.750.05248.0720110883100
12.750.04945.11033152297.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.34 Å48.07 Å
Translation8.35 Å48.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PZU

4pzu


解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.1731 / WRfactor Rwork: 0.1513 / FOM work R set: 0.8837 / SU B: 11.877 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / SU Rfree: 0.1812 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 1930 4.8 %RANDOM
Rwork0.1715 ---
obs0.1725 40056 99.96 %-
all-40080 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.1 Å2 / Biso mean: 36.305 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3684 0 83 190 3957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9585242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8995466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57923.035201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08315606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9261540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.322.3771858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3023.5592320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1932.6282005
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 291 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 133 -
Rwork0.285 2759 -
all-2892 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25040.1804-0.43471.2549-0.44280.8160.0448-0.05470.086-0.2050.10120.0245-0.06150.0285-0.1460.1640.00310.09050.0877-0.00420.075342.948229.8751-49.9326
20.3316-0.27110.40070.6511-0.93921.5270.0716-0.1025-0.0285-0.09630.05120.04260.0905-0-0.12280.10190.03790.03460.15370.01070.040846.1763-8.0905-18.8669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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