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- PDB-4q0f: Crystal Structure of Thermotoga maritima FtsH Periplasmic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0f
タイトルCrystal Structure of Thermotoga maritima FtsH Periplasmic domain
要素ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
キーワードHYDROLASE / ATP-dependent proteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #210 / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase M41 / Peptidase, FtsH / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #210 / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase M41 / Peptidase, FtsH / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者An, J.Y. / Sharif, H. / Barrera, F.N. / Karabadzhak, A. / Kang, G.B. / Park, K.J. / Sakkiah, S. / Lee, K.W. / Lee, S. / Engelman, D.M. ...An, J.Y. / Sharif, H. / Barrera, F.N. / Karabadzhak, A. / Kang, G.B. / Park, K.J. / Sakkiah, S. / Lee, K.W. / Lee, S. / Engelman, D.M. / Wang, J. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of periplasmic and transmembrane domains of FtsH suggest a reverse translocon mechanism for protein extraction from membrane
著者: An, J.Y. / Sharif, H. / Barrera, F.N. / Karabadzhak, A. / Kang, G.B. / Park, K.J. / Sakkiah, S. / Lee, K.W. / Lee, S. / Engelman, D.M. / Wang, J. / Eom, S.H.
履歴
登録2014年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2913
ポリマ－24,2913
非ポリマー00
水1,56787
1
A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5816
ポリマ－48,5816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.032, 66.125, 72.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-239-

HOH

21B-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH


分子量: 8096.834 Da / 分子数: 3 / 断片: periplasmic domain, UNP RESIDUES 34-101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: ftsH, TM_0580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZ49, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% (w/v) PEG 2000, 0.1M MES-NaOH (pH 6.0) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97924, 0.97901, 0.97134, 0.98696
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979011
30.971341
40.986961
反射解像度: 1.948→50 Å / Num. all: 15227 / Num. obs: 15191 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.948→36.304 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 756 5.01 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
all0.2112 15227 --
obs0.2112 15081 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→36.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 0 87 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6392182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.621609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002276
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9475-2.09790.28461340.2334273797
2.0979-2.30890.28871870.2394278499
2.3089-2.6430.25211480.21582878100
2.643-3.32950.24531610.21382885100
3.3295-36.30980.23621260.1902304199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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