PDB-4pzu: Crystal structure of a putative uncharacterize protein Rv3404c an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pzu

タイトル

Crystal structure of a putative uncharacterize protein Rv3404c and likely sugar N-formyltransferase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / National Institute for Allergy and Infectious Diseases / uncharacterized protein / identified drug target / integrated gene co-expression network analysis / Mtb / cell wall biogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; HOCH₂-ヒドロキシメチル基またはHCO-ホルミル基を移すもの / conversion of methionyl-tRNA to N-formyl-methionyl-tRNA / hydroxymethyl-, formyl- and related transferase activity / methionyl-tRNA formyltransferase activity / biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative uncharacterize protein Rv3404c and likely sugar N-formyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M.

履歴

登録	2014年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4pzu.ent.gz	620.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pzu_validation.pdf.gz	518.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pzu_full_validation.pdf.gz	531.5 KB	表示
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CIF形式データ	4pzu_validation.cif.gz	106 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/4pzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/4pzu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4nv1S 4q12 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vyq-d 4q12-d 6wfo-d 3ncv-d 4fkm-d 4k28-3 4k7o-d 3jyo-1 3n9t-1 6wfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MytuD.17389.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

B: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

C: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

D: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

E: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

F: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

G: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

H: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

ヘテロ分子

233 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

B: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

D: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

ヘテロ分子

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58.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

F: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

ヘテロ分子

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58.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

H: Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.080, 136.450, 99.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	1 - 231	22 - 252
2	1	LYS	LYS	B	B	1 - 231	22 - 252
1	2	ALA	ALA	A	A	1 - 235	22 - 256
2	2	ALA	ALA	C	C	1 - 235	22 - 256
1	3	ALA	ALA	A	A	1 - 235	22 - 256
2	3	ALA	ALA	D	D	1 - 235	22 - 256
1	4	LYS	LYS	A	A	1 - 231	22 - 252
2	4	LYS	LYS	E	E	1 - 231	22 - 252
1	5	ALA	ALA	A	A	1 - 235	22 - 256
2	5	ALA	ALA	F	F	1 - 235	22 - 256
1	6	LYS	LYS	A	A	1 - 231	22 - 252
2	6	LYS	LYS	G	G	1 - 231	22 - 252
1	7	GLU	GLU	A	A	1 - 230	22 - 251
2	7	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251
1	8	LYS	LYS	B	B	1 - 231	22 - 252
2	8	LYS	LYS	C	C	1 - 231	22 - 252
1	9	LYS	LYS	B	B	1 - 231	22 - 252
2	9	LYS	LYS	D	D	1 - 231	22 - 252
1	10	PRO	PRO	B	B	1 - 232	22 - 253
2	10	PRO	PRO	E	E	1 - 232	22 - 253
1	11	LYS	LYS	B	B	1 - 231	22 - 252
2	11	LYS	LYS	F	F	1 - 231	22 - 252
1	12	PRO	PRO	B	B	1 - 232	22 - 253
2	12	PRO	PRO	G	G	1 - 232	22 - 253
1	13	GLU	GLU	B	B	1 - 230	22 - 251
2	13	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251
1	14	ALA	ALA	C	C	1 - 235	22 - 256
2	14	ALA	ALA	D	D	1 - 235	22 - 256
1	15	LYS	LYS	C	C	1 - 231	22 - 252
2	15	LYS	LYS	E	E	1 - 231	22 - 252
1	16	ALA	ALA	C	C	1 - 235	22 - 256
2	16	ALA	ALA	F	F	1 - 235	22 - 256
1	17	LYS	LYS	C	C	1 - 231	22 - 252
2	17	LYS	LYS	G	G	1 - 231	22 - 252
1	18	GLU	GLU	C	C	1 - 230	22 - 251
2	18	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251
1	19	LYS	LYS	D	D	1 - 231	22 - 252
2	19	LYS	LYS	E	E	1 - 231	22 - 252
1	20	ALA	ALA	D	D	1 - 235	22 - 256
2	20	ALA	ALA	F	F	1 - 235	22 - 256
1	21	LYS	LYS	D	D	1 - 231	22 - 252
2	21	LYS	LYS	G	G	1 - 231	22 - 252
1	22	GLU	GLU	D	D	1 - 230	22 - 251
2	22	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251
1	23	LYS	LYS	E	E	1 - 231	22 - 252
2	23	LYS	LYS	F	F	1 - 231	22 - 252
1	24	PRO	PRO	E	E	1 - 232	22 - 253
2	24	PRO	PRO	G	G	1 - 232	22 - 253
1	25	GLU	GLU	E	E	1 - 230	22 - 251
2	25	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251
1	26	LYS	LYS	F	F	1 - 231	22 - 252
2	26	LYS	LYS	G	G	1 - 231	22 - 252
1	27	GLU	GLU	F	F	1 - 230	22 - 251
2	27	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251
1	28	GLU	GLU	G	G	1 - 230	22 - 251
2	28	GLU	GLU	H	H	1 - 230	22 - 251

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Uncharacterized protein Rv3404c/MT3512 分子量: 28939.691 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MT3412, MT3512, MTCY78.24, Rv3404c / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P65073, UniProt: P9WKZ3*PLUS
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MytuD.17389.a.A1.PW30616 at 19 mg/mL against JCSG+ screen condition D6, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000 supplemented with 25% ethylene glycol, crystal tracking ID 220349d6, ...詳細: MytuD.17389.a.A1.PW30616 at 19 mg/mL against JCSG+ screen condition D6, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000 supplemented with 25% ethylene glycol, crystal tracking ID 220349d6, unique puck ID bdu3-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MytuD.17389.a.A1.PW30616 at 19 mg/mL against JCSG+ screen condition D6, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000 supplemented with 25% ethylene glycol, crystal tracking ID 220349d6, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 128170 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.095 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 15.22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.15-2.21		0.462	2.97	34759	9325	99.9
2.21-2.27		0.397	3.52	33748	9017	99.8
2.27-2.33		0.326	4.24	33082	8767	99.9
2.33-2.4		0.268	5.09	32578	8565	99.9
2.4-2.48		0.221	6.16	31582	8277	99.8
2.48-2.57		0.177	7.49	30435	7990	99.9
2.57-2.67		0.148	8.97	29594	7729	99.8
2.67-2.78		0.12	10.72	28569	7463	99.8
2.78-2.9		0.094	13.17	27184	7102	99.9
2.9-3.04		0.083	15	26229	6856	99.8
3.04-3.21		0.065	18.19	24729	6499	99.9
3.21-3.4		0.051	23.01	23304	6131	99.8
3.4-3.63		0.042	27.11	21799	5754	99.8
3.63-3.93		0.036	30.95	20465	5411	99.9
3.93-4.3		0.034	33.66	18867	4973	99.8
4.3-4.81		0.03	35.41	17032	4470	99.8
4.81-5.55		0.03	35.24	15213	3981	99.8
5.55-6.8		0.03	34.11	12848	3368	99.8
6.8-9.62		0.027	37.79	9860	2607	99.9
	9.62	0.026	38.16	4941	1419	96.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NV1

4nv1

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.2236 / WR_factor R_work: 0.1817 / FOM work R set: 0.8244 / SU B: 10.325 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.1956 / SU R_free: 0.1728 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	6535	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1889	128170	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.97 Å² / B_iso mean: 40.346 Å² / B_iso min: 20.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0.3 Å²
2-	-	-0.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14616	0	88	973	15677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	15058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.941	20461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.741	5	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.963	23.333	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.906	15	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.101	15	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.311	2.126	7468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.012	3.179	9323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.962	2.341	7590

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	488	-
R_work	0.256	9347	-
all	-	9835	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8626	-0.2363	-0.3206	2.0439	-0.7299	0.7985	0.0481	0.0281	0.1736	-0.0241	0.0642	0.1623	0.0244	-0.0703	-0.1123	0.0177	-0.0025	-0.0096	0.1073	-0.0262	0.1234	-6.3725	0.7346	-35.6342
2	0.9872	-0.5639	0.7628	0.8152	-0.3127	0.8362	-0.0087	-0.0581	-0.0815	0.0458	0.0307	0.031	0.0503	-0.0232	-0.022	0.0976	-0.0108	0.0025	0.1108	0.031	0.0477	16.2407	-35.6016	-12.5653
3	1.3595	-0.7723	0.5805	1.9981	-0.2907	0.8401	-0.0151	0.0532	0.0991	-0.1618	-0.0405	-0.0127	-0.0308	-0.0744	0.0556	0.081	-0.0184	0.0286	0.107	-0.0151	0.0338	22.8564	-4.0011	-59.4349
4	0.9366	-0.2764	0.5812	1.5969	-0.7966	1.8224	-0.0444	-0.0191	-0.1088	0.1632	-0.0298	-0.3534	0.0388	0.0706	0.0742	0.0336	0.0133	-0.0273	0.0937	-0.0158	0.168	49.9929	-30.3826	-29.3541
5	0.8432	-0.6606	1.0521	0.9217	-0.7595	1.7386	-0.0186	0.0609	0.1027	-0.0889	-0.1034	-0.214	0.004	0.0893	0.122	0.0342	0.0125	0.013	0.1184	0.0419	0.1987	40.8883	24.1721	-41.8847
6	1.1221	-0.0819	0.7173	1.3548	-0.4413	2.3168	0.1405	-0.1398	-0.0314	0.2474	-0.045	-0.2087	0.3104	-0.0081	-0.0955	0.1717	-0.0072	-0.1526	0.1304	-0.005	0.1767	57.6513	-2.182	-4.7861
7	0.553	-0.3419	0.3736	4.3018	-1.5988	1.2207	0.0088	0.0353	0.0674	0.7994	-0.1176	-0.0605	-0.3246	0.0079	0.1088	0.172	-0.0264	0.0035	0.0565	-0.0135	0.0572	11.3285	29.2648	-18.2834
8	1.4683	-1.2456	0.7409	3.653	-2.1042	1.5507	-0.2573	0.0345	-0.0194	1.1805	0.0199	-0.0878	-0.6482	0.1538	0.2374	0.6965	-0.0908	-0.0258	0.3304	0.005	0.1369	23.2306	-7.9362	12.1134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 232
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 235
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 232
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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