PDB-4pyw: 1.92 angstrom crystal structure of A1AT:TTAI ternary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pyw

タイトル

1.92 angstrom crystal structure of A1AT:TTAI ternary complex

要素

ACE-THR-THR-ALA-ILE-NH2
Alpha-1-antitrypsin

キーワード

Hydrolase inhibitor / Serpin

機能・相同性

機能・相同性情報

Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Nyon, M.P. / Day, J. / Gooptu, B.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: An integrative approach combining ion mobility mass spectrometry, X-ray crystallography, and nuclear magnetic resonance spectroscopy to study the conformational dynamics of alpha 1 - ...
著者: Nyon, M.P. / Prentice, T. / Day, J. / Kirkpatrick, J. / Sivalingam, G.N. / Levy, G. / Haq, I. / Irving, J.A. / Lomas, D.A. / Christodoulou, J. / Gooptu, B. / Thalassinos, K.

履歴

登録	2014年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pyw.cif.gz	169.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pyw.ent.gz	134.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pyw_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pyw_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	4pyw_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	4pyw_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1xqg-1 1xqg-2 2qug-d 2dut-2 3ne4-d 3sto-d 4ga7-2 4dte-2 1kct-d 3f5n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (13) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1-antitrypsin

B: ACE-THR-THR-ALA-ILE-NH2

C: ACE-THR-THR-ALA-ILE-NH2

ヘテロ分子

46.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.710, 38.960, 93.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-1-antitrypsin / Alpha-1 protease inhibitor / Alpha-1-antiproteinase / Serpin A1 / Short peptide from AAT / SPAAT 分子量: 45611.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA1, AAT, PI, PRO0684, PRO2209 / プラスミド: pQE32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE / 参照: UniProt: P01009
#2: タンパク質・ペプチド	ACE-THR-THR-ALA-ILE-NH2 分子量: 428.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 26% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1.0332 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→55.87 Å / Num. obs: 30573
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→55.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.896 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU B: 16.548 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22497	1518	5 %	RANDOM
R_work	0.1904	-	-	-
obs	0.19219	28725	95.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	6.31 Å²
2-	-	-6.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→55.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2937	0	12	96	3045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.969	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.787	3	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.98	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.065	25.649	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.129	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.855	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.145	2.714	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.146	2.712	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.132	4.051	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.131	4.053	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.394	3.215	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.392	3.215	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.039	4.596	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.868	22.846	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.83	22.545	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.762	3	5925
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	39.127	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.563	5	5942

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.961 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	76	-
R_work	0.335	1647	-
obs	-	-	73.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8259	-0.08	-0.7536	0.2147	0.2579	0.842	0.0231	0.8575	0.0908	0.1095	0.0916	0.0355	0.0718	0.1178	-0.1148	0.1458	0.055	-0.0778	0.7013	0.028	0.2247	28.8122	-13.3013	-30.0714
2	3.4147	-0.936	0.4815	1.5965	-1.0518	1.234	-0.0525	0.5207	-0.0971	0.1375	0.1266	-0.2286	0.0299	0.0847	-0.0741	0.0654	0.0864	-0.0767	0.5872	-0.0436	0.3081	44.9207	-17.9206	-24.1509
3	1.7118	-0.0635	-0.4869	0.2853	0.1548	0.6526	-0.004	0.2223	-0.0528	0.0533	-0.0542	0.0176	0.0326	0.035	0.0582	0.2054	0.039	-0.1319	0.415	0.003	0.2941	17.1143	-15.5017	-16.9444
4	2.0437	-0.1365	-0.6278	1.5588	0.3181	0.8991	0.0401	0.1574	-0.0669	0.1304	-0.0801	-0.0138	0.0898	0.0474	0.0399	0.2019	0.023	-0.1141	0.3956	0.0405	0.2763	13.4278	-10.7795	-11.3451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	124 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	186 - 342
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	343 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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