PDB-4pyr: Structure of a putative branched-chain amino acid ABC transporter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pyr

タイトル

Structure of a putative branched-chain amino acid ABC transporter from Chromobacterium violaceum ATCC 12472

要素

Putative branched-chain amino acid ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Amino acid transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic side of cell outer membrane / peptidoglycan biosynthetic process / enzyme regulator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromobacterium violaceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative branched-chain amino acid ABC transporter from Chromobacterium violaceum ATCC 12472
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pyr.cif.gz	132.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pyr.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pyr_validation.pdf.gz	685.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pyr_full_validation.pdf.gz	688.8 KB	表示
XML形式データ	4pyr_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	4pyr_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6k2f-d 2w3h-d 4yol-d 3zxe-d 4kq9-d 3bbl-d 5bq3-4 5glz-2 2qvl-d 4yn7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110371

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative branched-chain amino acid ABC transporter

ヘテロ分子

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.182, 72.332, 45.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative branched-chain amino acid ABC transporter 分子量: 32298.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 83-387 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 株: ATCC 12472 / 遺伝子: CV_0653 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 magic / 参照: UniProt: Q7P0B4
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月3日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 46422 / Num. obs: 46422 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 34.3
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.926 / SU ML: 0.071 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23289	2347	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18565	-	-	-
obs	0.18793	44047	99.36 %	-
all	-	44047	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.24 Å²	-0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	2.93 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2200	0	20	220	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	2.001	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.151	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.785	22.947	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.198	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.079	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.484	1.062	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.476	7.946	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.829	1.608	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.828		1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.215		1100
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.203		1099
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.573		1628
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.669		2776
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.531		2700
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	36.35	3	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.567	5	2274

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	181	-
R_work	0.266	3130	-
obs	-	-	96.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4636	0.5389	1.2201	1.8433	0.2282	4.8221	0.0232	0.0669	0.0143	-0.0839	0.0063	-0.2795	0.0738	0.2003	-0.0295	0.0839	0.005	-0.0022	0.0085	0.0003	0.09	39.6103	21.9284	-1.8245
2	6.005	-0.1089	-0.1635	2.5327	-0.1737	3.4825	-0.0561	-0.3955	0.5967	0.0522	0.1108	-0.3893	-0.1651	0.5043	-0.0547	0.1347	-0.0026	-0.0346	0.1056	-0.0772	0.2112	44.6207	31.0409	4.0525
3	6.6146	5.4679	0.2386	9.0678	-1.0023	2.6196	0.4107	-1.0476	0.5222	0.8426	-0.3265	-0.2873	-0.2201	0.1098	-0.0842	0.2509	0.0222	0.0087	0.2802	-0.1782	0.2695	35.9236	34.0638	11.8232
4	2.9566	-0.0036	0.5247	3.3838	-0.3286	3.0221	-0.0782	-0.0562	-0.1614	0.1721	-0.0181	0.1184	0.098	-0.118	0.0963	0.1522	-0.0001	0.0002	0.006	0.0016	0.0645	16.8866	14.4877	23.6677
5	3.4507	1.2148	-0.7928	1.8198	0.1156	2.8679	-0.0715	-0.0337	-0.1996	0.1632	0.0101	0.0632	0.1573	-0.2633	0.0613	0.1193	0.0169	-0.0024	0.0626	0.021	0.047	27.2626	18.0446	0.2999
6	4.1837	1.8488	-1.204	3.9969	0.8054	1.9044	0.1458	-0.0483	0.6087	0.1811	0.016	0.0501	-0.3075	-0.0384	-0.1619	0.185	0.0544	-0.0276	0.0696	0.0037	0.1271	23.775	29.1959	5.9796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	83 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	119 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	170 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	187 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	303 - 348
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	349 - 381

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)