PDB-4pya: MoaC K51A in complex with 3',8-cH2GTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pya

タイトル

MoaC K51A in complex with 3',8-cH2GTP

要素

Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC

キーワード

TRANSLATION / MoaC / Molybdenum Cofactor / Moco

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic pyranopterin monophosphate synthase / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.789 Å

データ登録者

Tonthat, N.K. / Hover, B.M. / Yokoyama, K. / Schumacher, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Mechanism of pyranopterin ring formation in molybdenum cofactor biosynthesis.
著者: Hover, B.M. / Tonthat, N.K. / Schumacher, M.A. / Yokoyama, K.

履歴

登録	2014年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年8月29日	Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pya.cif.gz	66.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pya.ent.gz	48.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pya_validation.pdf.gz	719 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pya_full_validation.pdf.gz	720.7 KB	表示
XML形式データ	4pya_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	4pya_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4pya	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pydC 1ekrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oao-1 4v1l-d 4d3l-d 8ohm-d 5fjq-d 2j60-d 2j64-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC

ヘテロ分子

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC

ヘテロ分子

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.933, 89.933, 62.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- EDO

#1: タンパク質	Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC 分子量: 17419.174 Da / 分子数: 1 / 断片: MoaC / 変異: K51A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: W0KCK5, UniProt: P0A738*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-2X3 / (8S)-3',8-cyclo-7,8-dihydroguanosine 5'-triphosphate 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 35% PEG 1500 and 0.1 M MMT buffer (pH 9.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.789→50 Å / Num. all: 14516 / Num. obs: 14516 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.863 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.79-1.82	5.6	0.675	689	0.993	1	99.6
1.82-1.85	6.6	0.596	720	0.971	1	99.4
1.85-1.89	6.9	0.459	710	0.987	1	100
1.89-1.93	7.1	0.382	695	0.995	1	99.9
1.93-1.97	7.1	0.293	711	1.089	1	100
1.97-2.02	7.1	0.219	719	1.083	1	100
2.02-2.07	7.1	0.187	716	1.12	1	100
2.07-2.12	7.1	0.152	701	1.192	1	100
2.12-2.18	7.1	0.133	728	1.281	1	100
2.18-2.26	7.1	0.116	717	1.463	1	99.9
2.26-2.34	7.1	0.102	724	1.643	1	100
2.34-2.43	7.1	0.087	718	1.826	1	100
2.43-2.54	7	0.081	719	2.08	1	100
2.54-2.67	7	0.067	729	2.163	1	100
2.67-2.84	6.9	0.061	727	2.348	1	100
2.84-3.06	6.8	0.06	737	2.718	1	100
3.06-3.37	6.6	0.059	733	3.423	1	99.7
3.37-3.86	6.4	0.05	747	3.441	1	99.3
3.86-4.86	6.3	0.046	763	3.342	1	99.3
4.86-50	5.6	0.044	813	3.329	1	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID: 1EKR

1ekr

解像度: 1.789→29.437 Å / FOM work R set: 0.8577 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1935	1450	10 %	RANDOM
R_work	0.1738	-	-	-
all	0.1758	14505	-	-
obs	0.1758	14505	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.39 Å² / B_iso mean: 47.36 Å² / B_iso min: 24.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.789→29.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	949	0	60	52	1061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.408	1373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.998	427

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7891-1.8531	0.2971	139	0.2475	1258	1397	99
1.8531-1.9273	0.2419	142	0.2144	1265	1407	100
1.9273-2.015	0.2007	142	0.1873	1284	1426	100
2.015-2.1212	0.2086	143	0.1748	1280	1423	100
2.1212-2.254	0.2346	143	0.1789	1296	1439	100
2.254-2.428	0.2196	145	0.1812	1304	1449	100
2.428-2.6722	0.2192	144	0.1844	1297	1441	100
2.6722-3.0585	0.1915	147	0.1775	1318	1465	100
3.0585-3.852	0.1931	148	0.1753	1334	1482	100
3.852-29.4415	0.1665	157	0.1586	1419	1576	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8108	-0.2165	-4.3408	3.6347	1.0174	6.5664	0.0176	0.5302	0.0036	-0.1451	-0.1184	0.3785	-0.2105	-0.4684	0.0441	0.2001	0.0504	-0.0736	0.3336	0.0121	0.2497	-70.1062	23.79	199.6618
2	5.9249	-0.5407	-6.8882	0.5902	0.9562	8.2084	-0.6856	-0.2282	3.9452	0.1261	0.9576	1.9872	-3.8283	-3.4782	-0.0573	1.2735	0.4213	-0.0495	0.933	0.0689	1.3019	-71.0088	37.803	206.1517
3	4.8398	-5.3859	-2.2223	9.0695	2.2941	4.4901	0.0012	0.131	0.4155	-0.1845	0.0251	-0.6727	-0.1246	0.3017	0.0099	0.277	-0.0661	-0.0068	0.2837	-0.0038	0.3125	-54.6116	24.3834	196.428
4	9.2971	6.1691	-3.4461	4.9542	-4.286	5.8425	-0.6584	1.9152	0.3665	-0.51	0.6194	0.4095	0.2065	-1.7309	0.0238	0.4272	0.0209	-0.0185	0.468	-0.0215	0.3977	-72.4099	26.2113	197.0093
5	5.3033	-0.9656	-3.2871	2.7754	0.4128	8.4374	-0.0346	0.3508	0.051	-0.1992	-0.011	0.1614	-0.0102	-0.1278	0.0635	0.1696	0.0004	-0.0164	0.2078	-0.0226	0.242	-65.0621	20.6636	199.5754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 47 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 53 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 82 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 94 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 146 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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