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- PDB-4py6: Crystal Structure of bromodomain of PFA0510w from Plasmodium Falc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4py6
タイトルCrystal Structure of bromodomain of PFA0510w from Plasmodium Falciparum
要素Bromodomain protein, putative
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / bromodomain / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NuA4 histone acetyltransferase complex
類似検索 - 分子機能
Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R78 / Bromodomain protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fonseca, M. / Tallant, C. / Hutchinson, A. / Savitsky, P. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / Loppnau, P. / Brennan, P.E. / von Delft, F. / Dong, A. ...Fonseca, M. / Tallant, C. / Hutchinson, A. / Savitsky, P. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / Loppnau, P. / Brennan, P.E. / von Delft, F. / Dong, A. / Josling, G.A. / Duffy, M.F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Knapp, S. / Wernimont, A.K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of bromodomain of PFA0510w from Plasmodium Falciparum
著者: Fonseca, M. / Tallant, C. / Hutchinson, A. / Savitsky, P. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / Loppnau, P. / Brennan, P.E. / von Delft, F. / Dong, A. / Josling, G.A. / Duffy, M.F. / ...著者: Fonseca, M. / Tallant, C. / Hutchinson, A. / Savitsky, P. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / Loppnau, P. / Brennan, P.E. / von Delft, F. / Dong, A. / Josling, G.A. / Duffy, M.F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Knapp, S. / Wernimont, A.K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Structure summary
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain protein, putative
B: Bromodomain protein, putative
C: Bromodomain protein, putative
D: Bromodomain protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,09611
ポリマ－69,8234
非ポリマー2,2737
水2,414134
1
A: Bromodomain protein, putative
C: Bromodomain protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0175
ポリマ－34,9122
非ポリマー1,1053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain protein, putative
D: Bromodomain protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0796
ポリマ－34,9122
非ポリマー1,1674
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.324, 84.269, 219.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質
Bromodomain protein, putative


分子量: 17455.848 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1172-1315 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFA0510w, PFA_0510w, PFUGPA_00085 / プラスミド: pET15-MHL
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8I240
#2: 化合物
ChemComp-R78 / 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536


分子量: 521.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N7O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M CaCl2, 20% PEG6k, 15% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→29.41 Å / Num. all: 29997 / Num. obs: 29757 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 49.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.33-2.416.10.5612.516604272993.5
9.02-29.415.50.0619.7312656796.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8798 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8581 / SU R Cruickshank DPI: 0.556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2681 1254 5.16 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.2387 24293 99.77 %-
all-24349 --
原子変位パラメータBiso max: 117.09 Å2 / Biso mean: 45.17 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.215 Å20 Å20 Å2
2--12.7126 Å20 Å2
3----5.4976 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.444 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4424 0 128 134 4686
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1716SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes631HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4708HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion592SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4708HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6344HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.95
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3013 150 5.12 %
Rwork0.2831 2782 -
all0.284 2932 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0514-0.6182-0.25351.5902-0.02121.74950.0327-0.15540.0950.0146-0.069-0.0639-0.05390.25490.0363-0.1734-0.0250.01750.12650.0368-0.1393-24.611-33.005-42.367
21.4343-0.8738-0.31732.69910.17212.1912-0.00170.0102-0.10650.0432-0.09130.29790.2905-0.01670.093-0.1975-0.08890.02610.17380.0139-0.1636-18.612-28.669-68.071
31.38230.05120.27863.01680.30172.42320.0103-0.04030.00890.0392-0.0892-0.2379-0.02870.15960.079-0.3036-0.0191-0.0370.3040.0671-0.2788-23.935-33.878-14.584
42.78240.8361-0.68891.1925-0.36682.9288-0.09970.38250.0251-0.13710.09830.10640.3281-0.54420.0014-0.2083-0.0934-0.00630.304-0.0514-0.304-18.679-28.482-95.703
51.2277-0.9919-2.88310-1.84911.4275-0.0083-0.1224-0.02050.0059-0.03740.03140.03380.07530.0458-0.07190.0158-0.03140.12370.0669-0.2834-17.251-33.009-52.394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1186 - A|1317 }A1186 - 1317
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1188 - B|1318 }B1188 - 1318
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1190 - C|1316 }C1190 - 1316
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1191 - D|1318 }D1191 - 1318
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|1401 - A|1401 C|1401 - C|1401 B|1401 - B|1401 D|1401 - D|1401 }A1401
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|1401 - A|1401 C|1401 - C|1401 B|1401 - B|1401 D|1401 - D|1401 }C1401
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|1401 - A|1401 C|1401 - C|1401 B|1401 - B|1401 D|1401 - D|1401 }B1401
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|1401 - A|1401 C|1401 - C|1401 B|1401 - B|1401 D|1401 - D|1401 }D1401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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