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- PDB-4py5: Thermovibrio ammonificans RNase H3 in complex with 19-mer RNA/DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4py5
タイトルThermovibrio ammonificans RNase H3 in complex with 19-mer RNA/DNA
要素
  • 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
  • Ribonuclease
キーワードHydrolase/DNA/RNA / RNase H fold / RNA/DNA hybrid / Hydrolase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / mismatch repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HIII / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Ribonuclease HIII / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Thermovibrio ammonificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Figiel, M. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of RNase H3-substrate complex reveals parallel evolution of RNA/DNA hybrid recognition.
著者: Figiel, M. / Nowotny, M.
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
B: 5'-R(*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,99012
ポリマ－42,2013
非ポリマー7899
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.449, 67.661, 107.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Ribonuclease


分子量: 30301.682 Da / 分子数: 1 / 変異: D78N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermovibrio ammonificans (バクテリア)
株: HB-1 / 遺伝子: Theam_0945 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star
参照: UniProt: E8T217, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'


分子量: 6053.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*C)-3'


分子量: 5845.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 196分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M AmSO4, 0.1 M BisTris, 25% PEG 3350, 10 mM spermine tetrahydrochloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 25583 / Num. obs: 25396 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 4.27 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 3890 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXAutoSolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.09 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1271 5.01 %random
Rwork0.1832 ---
obs0.1857 25392 99.27 %-
all-25583 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 788 42 187 3042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0744194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2981197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.18420.31351340.23912518X-RAY DIFFRACTION94
2.1842-2.28360.25951370.20682610X-RAY DIFFRACTION100
2.2836-2.40390.23091410.19662672X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.55450.26421400.19592669X-RAY DIFFRACTION100
2.5545-2.75170.29711400.20952666X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-3.02860.261420.20712684X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.46670.23861420.18822713X-RAY DIFFRACTION100
3.4667-4.36690.19511440.15742730X-RAY DIFFRACTION100
4.3669-42.09820.21221510.16882859X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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