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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pxb | ||||||
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タイトル | The crystal structure of AtUAH in complex with (S)-ureidoglycolate | ||||||
要素 | Ureidoglycolate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Amidase / Hydantoinase / Carbamoylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ureidoglycolate amidohydrolase / ureide catabolic process / ureidoglycolate hydrolase activity / allantoin catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / purine nucleobase catabolic process / plastid / manganese ion binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å | ||||||
データ登録者 | Shin, I. / Rhee, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase. 著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pxb.cif.gz | 198.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pxb.ent.gz | 154.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pxb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pxb_validation.pdf.gz | 446.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pxb_full_validation.pdf.gz | 449.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pxb_validation.xml.gz | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pxb_validation.cif.gz | 64 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4pxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4pxb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46270.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-476 / 変異: E183A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UAH, AAH2, At5g43600, K9D7.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VXY9, EC: 3.5.3.19 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 % / Mosaicity: 0.355 ° / Mosaicity esd: 0.004 ° |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 80858 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 4.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.903→30.642 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.342 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.7 Å2 / Biso mean: 18.785 Å2 / Biso min: 6.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.903→30.642 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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