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- PDB-4pxb: The crystal structure of AtUAH in complex with (S)-ureidoglycolate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxb
タイトルThe crystal structure of AtUAH in complex with (S)-ureidoglycolate
要素Ureidoglycolate hydrolase
キーワードHYDROLASE / Amidase / Hydantoinase / Carbamoylase
機能・相同性
機能・相同性情報


ureidoglycolate amidohydrolase / ureidoglycolate hydrolase activity / ureide catabolic process / allantoin catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / purine nucleobase catabolic process / plastid / manganese ion binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2S)-(carbamoylamino)(hydroxy)ethanoic acid / Ureidoglycolate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Shin, I. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase.
著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S.
履歴
登録2014年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ureidoglycolate hydrolase
B: Ureidoglycolate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0298
ポリマ－92,5422
非ポリマー4886
水18,5731031
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area30640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.015, 89.520, 163.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ureidoglycolate hydrolase / AtUAH / Allantoate amidohydrolase 2 / AtAHH2 / Ureidoglycolate amidohydrolase


分子量: 46270.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-476 / 変異: E183A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UAH, AAH2, At5g43600, K9D7.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VXY9, EC: 3.5.3.19
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UGC / (2S)-(carbamoylamino)(hydroxy)ethanoic acid / (S)-Ureidoglycolate


分子量: 134.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 % / Mosaicity: 0.355 ° / Mosaicity esd: 0.004 °

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 7A (6B, 6C1)10.97934
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97923, 0.97940, 0.96417
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 270r1CCD
ADSC QUANTUM 2102CCD2012年3月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.979231
30.97941
40.964171
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 80858 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.9713.70.68879301.17199.5
1.97-2.0513.70.52679701.18499.5
2.05-2.1413.70.41779721.1999.7
2.14-2.2513.80.34980211.17299.8
2.25-2.3913.80.29680201.14799.9
2.39-2.5813.90.24280571.122100
2.58-2.8414.10.18980591.07100
2.84-3.2514.20.1381371.018100
3.25-4.0914.30.08481970.903100
4.09-5013.80.07284950.87999.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.903→30.642 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 2000 2.48 %
Rwork0.162 --
obs0.1627 80780 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.342 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.7 Å2 / Biso mean: 18.785 Å2 / Biso min: 6.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3825 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.2221 Å2-0 Å2
3----5.1604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→30.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6396 0 22 1031 7449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0898816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1432424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.903-1.95060.21611380.19425417555597
1.9506-2.00340.22261410.18965542568399
2.0034-2.06230.21331400.17955565696100
2.0623-2.12880.21021410.165355475688100
2.1288-2.20490.19971420.160655765718100
2.2049-2.29320.18171420.161255815723100
2.2932-2.39750.19341420.158156175759100
2.3975-2.52380.17611420.158756175759100
2.5238-2.68190.181430.152756205763100
2.6819-2.88880.17671440.156556345778100
2.8888-3.17920.19581440.162856695813100
3.1792-3.63870.18151430.154356935836100
3.6387-4.58190.15611470.142357475894100
4.5819-30.64610.20721510.179759646115100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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