PDB-4pxb: The crystal structure of AtUAH in complex with (S)-ureidoglycolate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pxb

タイトル

The crystal structure of AtUAH in complex with (S)-ureidoglycolate

要素

Ureidoglycolate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Amidase / Hydantoinase / Carbamoylase

機能・相同性

機能・相同性情報

ureidoglycolate amidohydrolase / ureide catabolic process / ureidoglycolate hydrolase activity / allantoin catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / purine nucleobase catabolic process / plastid / manganese ion binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Shin, I. / Rhee, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase.
著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S.

履歴

登録	2014年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pxb.cif.gz	198.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pxb.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4pxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4pxb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pxcC 4pxdC 4pxeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pxe-d 3txv-2 4pxd-d 2whw-d 1tm7-2 4pxc-d 2vzm-d 2xny-2 4d5q-1 2z00-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ureidoglycolate hydrolase

B: Ureidoglycolate hydrolase

ヘテロ分子

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.015, 89.520, 163.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ureidoglycolate hydrolase / AtUAH / Allantoate amidohydrolase 2 / AtAHH2 / Ureidoglycolate amidohydrolase 分子量: 46270.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-476 / 変異: E183A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UAH, AAH2, At5g43600, K9D7.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VXY9, EC: 3.5.3.19
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UGC / (2S)-(carbamoylamino)(hydroxy)ethanoic acid / (S)-Ureidoglycolate / ウレイドグリコラ-ト分子量: 134.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆N₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 % / Mosaicity: 0.355 ° / Mosaicity esd: 0.004 °

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PAL/PLS	7A (6B, 6C1)	1	0.97934
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	2	0.97923, 0.97940, 0.96417

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270r	1	CCD
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2012年3月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97934	1
2	0.97923	1
3	0.9794	1
4	0.96417	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 80858 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.164 / Χ²: 1.082 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	13.7	0.688	7930	1.171	99.5
1.97-2.05	13.7	0.526	7970	1.184	99.5
2.05-2.14	13.7	0.417	7972	1.19	99.7
2.14-2.25	13.8	0.349	8021	1.172	99.8
2.25-2.39	13.8	0.296	8020	1.147	99.9
2.39-2.58	13.9	0.242	8057	1.122	100
2.58-2.84	14.1	0.189	8059	1.07	100
2.84-3.25	14.2	0.13	8137	1.018	100
3.25-4.09	14.3	0.084	8197	0.903	100
4.09-50	13.8	0.072	8495	0.879	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.903→30.642 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1885	2000	2.48 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.1627	80780	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.342 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.7 Å² / B_iso mean: 18.785 Å² / B_iso min: 6.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.3825 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.2221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.1604 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→30.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6396	0	22	1031	7449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	8816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.143	2424

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.903-1.9506	0.2161	138	0.1942	5417	5555	97
1.9506-2.0034	0.2226	141	0.1896	5542	5683	99
2.0034-2.0623	0.2133	140	0.179	5556	5696	100
2.0623-2.1288	0.2102	141	0.1653	5547	5688	100
2.1288-2.2049	0.1997	142	0.1606	5576	5718	100
2.2049-2.2932	0.1817	142	0.1612	5581	5723	100
2.2932-2.3975	0.1934	142	0.1581	5617	5759	100
2.3975-2.5238	0.1761	142	0.1587	5617	5759	100
2.5238-2.6819	0.18	143	0.1527	5620	5763	100
2.6819-2.8888	0.1767	144	0.1565	5634	5778	100
2.8888-3.1792	0.1958	144	0.1628	5669	5813	100
3.1792-3.6387	0.1815	143	0.1543	5693	5836	100
3.6387-4.5819	0.1561	147	0.1423	5747	5894	100
4.5819-30.6461	0.2072	151	0.1797	5964	6115	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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