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- PDB-4px7: Crystal structure of lipid phosphatase E. coli PgpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4px7
タイトルCrystal structure of lipid phosphatase E. coli PgpB
要素Phosphatidylglycerophosphatase
キーワードHYDROLASE / HELIX / alfa-helix / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylglycerophosphatase / phosphatidylglycerophosphatase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylglycerophosphatase / Phosphatidylglycerophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fan, J. / Jiang, D. / Zhao, Y. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of lipid phosphatase Escherichia coli phosphatidylglycerophosphate phosphatase B.
著者: Fan, J. / Jiang, D. / Zhao, Y. / Liu, J. / Zhang, X.C.
履歴
登録2014年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylglycerophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6263
ポリマ－30,3051
非ポリマー3212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.715, 73.667, 131.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylglycerophosphatase / Phosphatidylglycerophosphatase B / Phosphatidylglycerophosphatase B [multifunctional]


分子量: 30304.771 Da / 分子数: 1 / 変異: I116M, E120K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: pgpB, B21_01266, ECBD_2341, ECD_01255 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: C6EFV6, UniProt: A0A140N9T3*PLUS, phosphatidylglycerophosphatase, undecaprenyl-diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM CaCl2, 10mM MgSO4, 20mM MES (pH 6.5), 7.7% (w/v) polyethylene glycol 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→32.86 Å / Num. all: 6362 / Num. obs: 6299 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.129
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 565 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→32.86 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 36.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3023 510 4.54 %RANDOM
Rwork0.27 ---
all0.2715 ---
obs0.2715 6256 98.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→32.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 0 22 0 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2582762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.54650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007326
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2004-3.52220.45421170.3395263196
3.5222-4.0310.3911130.27572721100
4.031-5.07570.2791450.25332678100
5.0757-32.86170.25791350.26122700100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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