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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pww
タイトルCrystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR494.
要素OR494
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / De Novo / OR494
機能・相同性Ribosomal protein S10 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETIC ACID / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.471 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Lin, Y.-R. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Engineered Protein OR494.
著者: Vorobiev, S. / Lin, Y.-R. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2014年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OR494
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4665
ポリマ－10,1911
非ポリマー2754
水1,72996
1
A: OR494
ヘテロ分子

A: OR494
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,93210
ポリマ－20,3812
非ポリマー5508
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_566x,-y+1,-z+3/21
Buried area2360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.548, 69.645, 73.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

HOH

21A-571-

HOH

31A-593-

HOH

詳細dimer as reported by HPLC+light scattering

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要素

#1: タンパク質 OR494


分子量: 10190.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: OR494-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 3.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. all: 28181 / Num. obs: 27476 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 16.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 33.25
反射 シェル解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2840 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KY3

4ky3


解像度: 1.471→36.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Presence of phosphate and acetate ions were traced back to a purification procedure. There is unknown ligand in the structure which was modeled by water molecules (A593-596).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1390 5.06 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 27452 97.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.118 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.69 Å2 / Biso mean: 25.281 Å2 / Biso min: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.685 Å20 Å2-0 Å2
2--9.324 Å2-0 Å2
3----5.639 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.471→36.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数674 0 17 96 787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.936927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.54263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.471-1.5230.3251360.2722458259492
1.523-1.5840.2181390.1952565270496
1.584-1.6560.2831750.1882579275497
1.656-1.7430.2561390.1732559269897
1.743-1.8530.2471400.1692609274997
1.853-1.9960.2131120.1662653276598
1.996-2.1970.1881530.162635278899
2.197-2.5140.1891420.1532633277599
2.514-3.1680.2121290.1812668279799
3.168-36.580.2111250.18927032828100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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