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- PDB-4pwc: Phl p 4 I153V N158H variant, a glucose oxidase, 3.5 M NaBr soak -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pwc
タイトルPhl p 4 I153V N158H variant, a glucose oxidase, 3.5 M NaBr soak
要素Pollen allergen Phl p 4.0202
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / BI-COVALENT FLAVINYLATION / ALLERGEN / GLUCOSE OXIDASE / HIGH OXYGEN REACTIVITY / GRASS POLLEN
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pollen allergen Phl p 4.0202
類似検索 - 構成要素
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zafred, D. / Keller, W. / Macheroux, P.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Rationally engineered flavin-dependent oxidase reveals steric control of dioxygen reduction.
著者: Zafred, D. / Steiner, B. / Teufelberger, A.R. / Hromic, A. / Karplus, P.A. / Schofield, C.J. / Wallner, S. / Macheroux, P.
履歴
登録2014年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32015年4月1日Group: Structure summary
改定 1.42015年4月22日Group: Other
改定 1.52015年6月3日Group: Other
改定 1.62015年9月2日Group: Database references
改定 1.72023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.82024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pollen allergen Phl p 4.0202
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,00672
ポリマ－55,7411
非ポリマー6,26571
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.220, 117.220, 201.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Pollen allergen Phl p 4.0202


分子量: 55740.723 Da / 分子数: 1 / 断片: Phl p 4.0202 / 変異: I153V, N158H, N61Q, N330Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
遺伝子: phlp4 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: B2ZWE9
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7 mg/mL Protein in 20mM Tris + 70% Tacsimate. Crystals were soaked in 55% Tacsimate 20% Glycerol 3.5 M NaBr before freezing, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.915345 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 68974 / Num. obs: 68911 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.2 % / Net I/σ(I): 1.47
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique all: 8233 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASERmr位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3TSH

3tsh


解像度: 2.3→29.305 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 1848 4.97 %random
Rwork0.1861 ---
obs0.188 68721 99.92 %-
all-68974 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3853 0 123 150 4126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.195490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2181462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006697
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33280.34611280.29722716X-RAY DIFFRACTION100
2.3328-2.36770.28311460.29312716X-RAY DIFFRACTION100
2.3677-2.40460.33041410.27982704X-RAY DIFFRACTION100
2.4046-2.4440.32591470.27342750X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.48620.34391520.2662695X-RAY DIFFRACTION100
2.4862-2.53130.26471360.24862745X-RAY DIFFRACTION100
2.5313-2.580.29851450.24772688X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.63260.21671430.24482716X-RAY DIFFRACTION100
2.6326-2.68980.32911400.2452730X-RAY DIFFRACTION100
2.6898-2.75240.30141450.23762705X-RAY DIFFRACTION100
2.7524-2.82110.30841480.23992727X-RAY DIFFRACTION100
2.8211-2.89740.2611410.22262711X-RAY DIFFRACTION100
2.8974-2.98250.25641480.22862741X-RAY DIFFRACTION100
2.9825-3.07870.31971350.23092737X-RAY DIFFRACTION100
3.0787-3.18860.24381500.21352698X-RAY DIFFRACTION100
3.1886-3.31610.28681260.20322730X-RAY DIFFRACTION100
3.3161-3.46680.21081590.18412703X-RAY DIFFRACTION100
3.4668-3.64930.21351350.17012749X-RAY DIFFRACTION100
3.6493-3.87740.18991440.15332705X-RAY DIFFRACTION100
3.8774-4.1760.18731460.15022725X-RAY DIFFRACTION100
4.176-4.59480.14871360.12842722X-RAY DIFFRACTION100
4.5948-5.25640.17611480.13492734X-RAY DIFFRACTION100
5.2564-6.60990.21851380.17282724X-RAY DIFFRACTION100
6.6099-29.30740.17471390.15792734X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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