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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pvr | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of partially-cleaved human l-asparaginase protein in complex with l-aspartate | |||||||||
![]() | Isoaspartyl peptidase/L-asparaginase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / NTN ENZYME / HOMODIMER / L-ASPARAGINE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-aspartyl-peptidase / asparagine catabolic process via L-aspartate / Phenylalanine metabolism / asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / photoreceptor inner segment / proteolysis / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nomme, J. / Lavie, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of apo and product-bound human L-asparaginase: insights into the mechanism of autoproteolysis and substrate hydrolysis. 著者: Nomme, J. / Su, Y. / Konrad, M. / Lavie, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32289.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7L266, beta-aspartyl-peptidase, asparaginase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.2M SODIUM MALONATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月17日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 59545 / Num. obs: 59545 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 17.3 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 1.04 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 4GDT ![]() 4gdt 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 0.934 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
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