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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pvq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of sulfate-bound human l-asparaginase protein | |||||||||
要素 | Isoaspartyl peptidase/L-asparaginase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / NTN ENZYME / HOMODIMER / L-ASPARAGINE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asparagine catabolic process via L-aspartate / beta-aspartyl-peptidase / Phenylalanine metabolism / asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / photoreceptor inner segment / proteolysis / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Nomme, J. / Lavie, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structures of apo and product-bound human L-asparaginase: insights into the mechanism of autoproteolysis and substrate hydrolysis. 著者: Nomme, J. / Su, Y. / Konrad, M. / Lavie, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pvq.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pvq.ent.gz | 96.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pvq_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pvq_full_validation.pdf.gz | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pvq_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pvq_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32289.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALP, ASRGL1, CRASH / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) C41 参照: UniProt: Q7L266, beta-aspartyl-peptidase, asparaginase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.27 詳細: 0.2 M AMMONIUM IODIDE, 2.2 M AMMONIUM SULFATE, PH 5.27, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月9日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.13→30 Å / Num. all: 26285 / Num. obs: 26285 / % possible obs: 79.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.25 Å / 冗長度: 2.06 % / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 53.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 4GDT 4gdt 解像度: 2.13→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.913 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.13→2.18 Å / Total num. of bins used: 20
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