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- PDB-4pvb: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pvb
タイトルCrystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphonic acid analogue of leucine (D-(S)-LeuP)
要素Aminopeptidase N
キーワードHYDROLASE / APN / aminopeptidase N / D-(S)-LeuP / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold ...Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[(1S)-1-amino-3-methylbutyl]phosphonic acid / PHOSPHATE ION / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nocek, B. / Vassiliou, S. / Berlicki, L. / Mulligan, R. / Mucha, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphonic acid analogue of leucine (D-(S)-LeuP)
著者: Nocek, B. / Vassiliou, S. / Mulligan, R. / Weglarz-Tomczak, E. / Berlicki, L. / Pawelczak, M. / Mucha, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn
Item: _audit_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4989
ポリマ－98,6901
非ポリマー8088
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.264, 224.264, 57.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminopeptidase N


分子量: 98690.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: pepN, NMB1416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JYV4, membrane alanyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-2WW / [(1S)-1-amino-3-methylbutyl]phosphonic acid / [(S)-1-アミノ-3-メチルブチル]ホスホン酸


分子量: 167.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO3P
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.39 Å / Num. all: 62983 / Num. obs: 61031 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GTQ

2gtq


解像度: 2.1→32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.605 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23256 2753 5.1 %RANDOM
Rwork0.17673 ---
obs0.17953 51398 85.87 %-
all-54145 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.47 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6859 0 41 351 7251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.9659565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8483.00115227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5765865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39224.205352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.888151127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9491549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 105 -
Rwork0.21 2056 -
obs--46.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42970.06530.09960.38660.56581.3359-0.13360.0316-0.0174-0.05390.07730.0262-0.22760.24150.05630.1144-0.0502-0.04420.04850.0050.065132.539154.962914.0421
20.17970.05880.10320.02010.01770.7213-0.05940.0267-0.0455-0.01560.0013-0.0163-0.15130.05640.0580.1049-0.002-0.03580.031-0.0080.096923.574847.58483.2865
30.2057-0.1564-0.08480.2393-0.07960.4405-0.04050.0399-0.01760.0059-0.0052-0.0429-0.0475-0.13630.04570.07940.0269-0.02250.0493-0.01890.10155.142440.36024.069
40.08420.133-0.02970.25430.03320.6877-0.0314-0.0199-0.0211-0.0194-0.028-0.0327-0.1628-0.14520.05930.12340.0834-0.03730.0597-0.02690.07692.430952.086221.8607
52.32980.29530.34220.26270.24240.4043-0.0162-0.0554-0.01020.0722-0.08850.0568-0.0991-0.23720.10470.18270.1306-0.01930.1959-0.06830.0631-16.647852.200837.2781
60.19410.2424-0.27450.9154-0.21970.4430.03190.141-0.03420.0524-0.14530.0914-0.0134-0.31520.11340.0899-0.01160.04620.3625-0.14770.0805-18.057130.81333.3925
72.47781.12531.21080.91250.7731.828-0.0834-0.0057-0.03770.14710.0006-0.02810.0381-0.17250.08280.1015-0.02020.01150.0774-0.04690.0784-4.107424.907737.3609
80.72220.1795-0.15060.130.08030.2719-0.03450.1067-0.01530.0338-0.06110.02320.0738-0.2620.09560.0841-0.06730.00410.2636-0.07850.1061-14.471718.860815.5867
90.0782-0.04870.10410.5738-0.06290.4302-0.02990.0106-0.06840.01530.004-0.00510.0042-0.05530.02590.0676-0.02720.00790.022-0.02820.13795.709216.5816.0338
100.62270.502-0.20590.47920.05770.8121-0.0025-0.00720.02310.0345-0.01180.01160.05830.01190.01430.0730.0094-0.01440.02180.00270.116216.755628.495234.2369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3A206 - 292
4X-RAY DIFFRACTION4A293 - 440
5X-RAY DIFFRACTION5A441 - 535
6X-RAY DIFFRACTION6A536 - 612
7X-RAY DIFFRACTION7A613 - 644
8X-RAY DIFFRACTION8A645 - 699
9X-RAY DIFFRACTION9A700 - 783
10X-RAY DIFFRACTION10A784 - 867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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