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万見
- PDB-4put: Crystal structure of the Arabidopsis thaliana TOP2 oligopeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4put
タイトルCrystal structure of the Arabidopsis thaliana TOP2 oligopeptidase
要素Cytosolic oligopeptidase A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / oligopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase A / peptide metabolic process / アポプラスト / response to cadmium ion / 葉緑体 / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal domain / Neurolysin; domain 3 - #40 / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, domain 2 / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase family M3 / Neurolysin; domain 3 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cytosolic oligopeptidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, R. / Rajagopalan, K. / Tong, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of the Arabidopsis thaliana TOP2 oligopeptidase.
著者: Wang, R. / Rajagopalan, K. / Sadre-Bazzaz, K. / Moreau, M. / Klessig, D.F. / Tong, L.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic oligopeptidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4173
ポリマ－81,3161
非ポリマー1012
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.740, 168.740, 175.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic oligopeptidase A / Thimet metalloendopeptidase 2 / Zincin-like metalloproteases family protein 2


分子量: 81316.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CYOP, TOP2, At5g10540, F12B17.110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q949P2, oligopeptidase A
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 220 mM ammonium acetate and 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 30200 / Num. obs: 29598 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PRIME-X精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→48.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 149597.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: OPLS 2005X / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1404 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.207 30200 --
obs0.207 28322 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.28 Å20 Å20 Å2
2--5.28 Å20 Å2
3----10.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5517 0 2 0 5519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d2.05
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it2.342.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it3.854
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it3.883.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it6.035
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 141 5.6 %
Rwork0.341 2380 -
obs--85.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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