PDB-4pu2: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phospho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pu2

タイトル

Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphonic acid analogue of leucine L-(R)-LeuP

要素

Aminopeptidase N

キーワード

HYDROLASE / APN / aminopeptidase N / L-(R)-LeuP / PSI-Biology / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / aminopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.095 Å

データ登録者

Nocek, B. / Vassiliou, S. / Berlicki, L. / Mulligan, R. / Mucha, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphonic acid analogue of leucine
著者: Nocek, B. / Vassiliou, S. / Mulligan, R. / Weglarz-Tomczak, E. / Berlicki, L. / Pawelczak, M. / Joachimiak, A. / Mucha, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn Item: _audit_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pu2.cif.gz	497.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pu2.ent.gz	416.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/4pu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/4pu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gtqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pw4-d 4qme-d 4xo4-d 4zx5-d 2dqm-d 4r5t-d 4xmw-d 4xn4-d 4zx4-d 4xmv-d 5yq2-d 4quo-d 3ked-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC84138

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

99.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.328, 224.328, 57.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aminopeptidase N 分子量: 98690.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: pepN, NMB1416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JYV4, membrane alanyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 299分子

#2: 化合物	ChemComp-PLU / LEUCINE PHOSPHONIC ACID / L-ロイシンホスホン酸分子量: 167.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO₃P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.9 Å / Num. all: 60514 / Num. obs: 60514 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1639)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GTQ

2gtq

解像度: 2.095→29.887 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.65 / σ(I): 2 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2093	4432	5.11 %	RANDOM
R_work	0.1776	-	-	-
obs	0.1792	56082	87.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.095→29.887 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6830	0	48	290	7168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.725	9528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.12	2558
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0946-2.1184	0.3528	44	0.2612	935	X-RAY DIFFRACTION	23
2.1184-2.1433	0.2673	54	0.2378	1027	X-RAY DIFFRACTION	25
2.1433-2.1695	0.3309	68	0.2389	1156	X-RAY DIFFRACTION	29
2.1695-2.1969	0.2091	74	0.236	1341	X-RAY DIFFRACTION	33
2.1969-2.2258	0.2672	94	0.2345	1546	X-RAY DIFFRACTION	38
2.2258-2.2563	0.2341	106	0.2396	1781	X-RAY DIFFRACTION	45
2.2563-2.2885	0.2723	106	0.2338	1978	X-RAY DIFFRACTION	49
2.2885-2.3227	0.2543	133	0.2303	2198	X-RAY DIFFRACTION	54
2.3227-2.3589	0.2804	115	0.2266	2381	X-RAY DIFFRACTION	59
2.3589-2.3976	0.2606	98	0.2212	2429	X-RAY DIFFRACTION	60
2.3976-2.4389	0.2516	141	0.2205	2645	X-RAY DIFFRACTION	64
2.4389-2.4833	0.2567	162	0.2132	2735	X-RAY DIFFRACTION	68
2.4833-2.531	0.2601	152	0.2196	2878	X-RAY DIFFRACTION	72
2.531-2.5826	0.2687	202	0.2182	3027	X-RAY DIFFRACTION	76
2.5826-2.6388	0.2191	132	0.2103	3215	X-RAY DIFFRACTION	78
2.6388-2.7001	0.2491	180	0.2186	3320	X-RAY DIFFRACTION	82
2.7001-2.7676	0.2308	181	0.2121	3306	X-RAY DIFFRACTION	82
2.7676-2.8423	0.2428	196	0.2113	3371	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8423-2.9259	0.239	173	0.2082	3352	X-RAY DIFFRACTION	84
2.9259-3.0203	0.2345	183	0.199	3401	X-RAY DIFFRACTION	84
3.0203-3.1281	0.2304	208	0.1898	3391	X-RAY DIFFRACTION	85
3.1281-3.2532	0.2499	194	0.1886	3427	X-RAY DIFFRACTION	85
3.2532-3.4011	0.2035	202	0.1756	3386	X-RAY DIFFRACTION	84
3.4011-3.5801	0.1742	193	0.1555	3407	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5801-3.804	0.1846	165	0.1421	3451	X-RAY DIFFRACTION	85
3.804-4.097	0.1452	171	0.1418	3450	X-RAY DIFFRACTION	85
4.097-4.5081	0.1546	207	0.1242	3421	X-RAY DIFFRACTION	85
4.5081-5.1575	0.1537	177	0.1297	3409	X-RAY DIFFRACTION	85
5.1575-6.487	0.2063	146	0.175	3505	X-RAY DIFFRACTION	85
6.487-29.8896	0.2025	175	0.1587	3480	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7006	0.0127	-0.2363	0.159	0.2421	1.4252	-0.0966	-0.0817	-0.0714	0.0388	0.0462	-0.0393	0.2859	0.2655	0.0551	0.2605	0.0435	0.0299	0.1832	0.0315	0.2133	25.6474	-49.1363	32.027
2	0.2681	-0.0076	0.0694	0.4498	0.181	1.1429	-0.058	0.0504	-0.0187	-0.0479	-0.0274	0.1411	0.2167	-0.2529	0.0741	0.2813	-0.0772	0.0294	0.2335	-0.0134	0.2396	-3.3728	-48.9369	15.2394
3	0.8158	-0.1583	-0.0411	0.769	0.156	1.0796	0.006	0.0357	0.0984	-0.0926	-0.0207	0.0883	-0.1545	-0.3789	0.0186	0.2152	0.058	-0.0038	0.268	-0.0205	0.2726	-10.7006	-21.4712	14.552
4	0.9203	-0.0267	-0.1974	1.1861	-0.3559	1.1771	-0.0334	-0.0196	0.1722	0.0256	0.0172	0.0542	-0.0902	-0.0461	-0.0272	0.2758	0.0037	0.0106	0.1626	0.0074	0.2656	11.2938	-19.5422	19.8563
5	0.8018	-0.2555	0.3308	0.83	0.0556	1.1417	0.0044	0.0617	0.0441	-0.1488	-0.0488	-0.1255	-0.0685	0.0949	0.0348	0.2715	-0.0138	0.0344	0.1816	0.0209	0.2301	17.4773	-28.6942	3.9444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 219 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 220 through 555 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 556 through 736 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 737 through 789 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 790 through 867 )

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