PDB-4ptz: Crystal structure of the Escherichia coli alkanesulfonate FMN red...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ptz

タイトル

Crystal structure of the Escherichia coli alkanesulfonate FMN reductase SsuE in FMN-bound form

要素

FMN reductase SsuE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavodoxin-like Fold / NADPH-dependent FMN reductase / SsuD

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN reductase complex / FMN reductase (NADPH) / cellular response to sulfate starvation / alkanesulfonate catabolic process / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / DNA damage response / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9007 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Ellis, H.R. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli SsuE: Defining a General Catalytic Cycle for FMN Reductases of the Flavodoxin-like Superfamily.
著者: Driggers, C.M. / Dayal, P.V. / Ellis, H.R. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ptz.cif.gz	308.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ptz.ent.gz	252.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ptz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ptz_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ptz_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4ptz_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	4ptz_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4ptz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4ptz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ptyC 4pu0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pu0-1 4pty-1 3ig8-d 4pu0-2 3e8p-d 4il5-d 1ekr-1 4pty-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: FMN reductase SsuE

A: FMN reductase SsuE

B: FMN reductase SsuE

D: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

89.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: FMN reductase SsuE

D: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

C: FMN reductase SsuE

D: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FMN reductase SsuE

B: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

A: FMN reductase SsuE

B: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.746, 186.746, 93.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	FMN reductase SsuE / FMN reductase / Sulfate starvation-induced protein 4 / SSI4 分子量: 21278.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ssuE, ycbP, b0937, JW0920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80644, FMN reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir ...詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir containing 7.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.1 M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日
放射	モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 75282 / Num. obs: 75282 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo SsuE

解像度: 1.9007→46.687 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	3848	5.14 %	RANDOM (same as apo and FMNH2-bound SsuE)
R_work	0.1732	-	-	-
obs	0.175	74934	99.4 %	-
all	-	75282	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9007→46.687 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5456	0	270	380	6106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.386	8053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.288	2098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	996

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9007-1.9247	0.4375	130	0.4164	2433	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9247-1.95	0.4117	145	0.37	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-1.9768	0.3094	128	0.3028	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9768-2.005	0.3265	161	0.2731	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.005-2.0349	0.287	123	0.2703	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0349-2.0667	0.2888	149	0.2417	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0667-2.1006	0.2838	147	0.2283	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1368	0.271	128	0.2164	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1368-2.1757	0.2532	140	0.2081	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1757-2.2175	0.2871	143	0.2077	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2175-2.2628	0.2385	144	0.2055	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2628-2.312	0.2439	162	0.1907	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.3658	0.2067	130	0.1852	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3658-2.4249	0.2346	167	0.1881	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4249-2.4905	0.2684	149	0.1898	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4905-2.5638	0.2362	124	0.1719	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5638-2.6465	0.2136	138	0.1706	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6465-2.7411	0.1911	140	0.166	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7411-2.8508	0.2442	131	0.1747	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8508-2.9806	0.2126	134	0.1747	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9806-3.1377	0.2296	138	0.1655	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1377-3.3342	0.18	169	0.1564	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3342-3.5915	0.1794	143	0.1503	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5915-3.9528	0.1921	155	0.1455	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9528-4.5244	0.139	151	0.1258	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5244-5.6986	0.16	138	0.1463	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6986-46.7006	0.2267	141	0.1883	2911	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8451	0.398	-0.0456	2.3504	0.3563	2.1054	0.0519	-0.0156	-0.0313	0.2381	0.0062	0.1899	0.3911	0.0005	-0.0514	0.3964	-0.0336	-0.0197	0.1706	-0.0451	0.3009	105.1972	30.1644	-6.2663
2	2.7694	0.8631	0.2934	3.213	0.8512	2.6782	-0.0749	0.4125	-0.4338	0.1608	0.5027	-0.5447	0.7514	0.8075	-0.2323	0.5271	0.2202	-0.1273	0.6436	-0.3368	0.5016	129.2069	20.2429	-17.6782
3	1.8503	0.1351	-0.0904	2.7512	-0.8553	2.0686	-0.0201	-0.1654	0.1537	0.2888	0.1033	0.079	-0.2574	0.0568	-0.0766	0.4748	0.0082	0.0162	0.1914	0.0386	0.3306	83.8613	13.9971	2.1775
4	2.8651	-0.1672	0.2825	3.5618	-1.2971	2.7062	-0.3054	-0.2436	0.3412	0.8913	0.6462	0.6066	-1.0946	-1.0127	-0.2246	0.9754	0.3537	0.129	0.6048	0.2578	0.6408	56.6417	7.2667	12.2703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)