PDB-4pty: Crystal structure of the Escherichia coli alkanesulfonate FMN red...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pty

タイトル

Crystal structure of the Escherichia coli alkanesulfonate FMN reductase SsuE in apo form

要素

FMN reductase SsuE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavodoxin-like Fold / NADPH-dependent FMN reductase / SsuD

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN reductase complex / FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / cellular response to sulfate starvation / FMN reductase (NADPH) activity / alkanesulfonate catabolic process / DNA damage response / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Ellis, H.R. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli SsuE: Defining a General Catalytic Cycle for FMN Reductases of the Flavodoxin-like Superfamily.
著者: Driggers, C.M. / Dayal, P.V. / Ellis, H.R. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pty.cif.gz	290.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pty.ent.gz	238.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pty_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pty_full_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示
XML形式データ	4pty_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	4pty_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4pty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4pty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ptzC 4pu0C 2vzf PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pu0-2 4pu0-1 4ptz-1 4ptz-2 3ne2-1 4a8k-3 4a8k-2 1ekr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: FMN reductase SsuE

A: FMN reductase SsuE

B: FMN reductase SsuE

D: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

85.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: FMN reductase SsuE

D: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

C: FMN reductase SsuE

D: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FMN reductase SsuE

B: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

A: FMN reductase SsuE

B: FMN reductase SsuE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.838, 185.838, 91.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	FMN reductase SsuE / FMN reductase / Sulfate starvation-induced protein 4 / SSI4 分子量: 21278.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ssuE, ycbP, b0937, JW0920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80644, FMN reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir ...詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir containing 7.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.1 M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.14 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射	モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 54613 / Num. obs: 52483 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.36 / Num. unique all: 1922 / % possible all: 71.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2VZF

2vzf
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.1→46.459 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: CDL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2294	2651	5.12 %	RANDOM (same as FMN-bound and FMNH2-bound SsuE)
R_work	0.1795	-	-	-
obs	0.1821	51749	94.79 %	-
all	-	52483	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5466	0	40	275	5781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.411	7677
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.019	2028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	887
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	979

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1382	0.3666	75	0.3316	1588	X-RAY DIFFRACTION	58
2.1382-2.1794	0.3632	110	0.301	2022	X-RAY DIFFRACTION	76
2.1794-2.2238	0.3084	129	0.2935	2258	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2238-2.2722	0.3435	132	0.2876	2475	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2722-2.325	0.3332	147	0.2673	2568	X-RAY DIFFRACTION	96
2.325-2.3832	0.2708	158	0.244	2610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3832-2.4476	0.306	152	0.2322	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4476-2.5196	0.2925	128	0.2213	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5196-2.601	0.2821	149	0.1991	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.6939	0.2526	139	0.197	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6939-2.8018	0.301	129	0.1954	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8018-2.9292	0.235	137	0.1846	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9292-3.0837	0.2647	145	0.1901	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0837-3.2768	0.2404	169	0.1758	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2768-3.5297	0.2316	152	0.1624	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5297-3.8848	0.2178	155	0.1551	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8848-4.4465	0.1673	156	0.1314	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4465-5.6006	0.1887	142	0.1423	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6006-46.4708	0.2133	147	0.1947	2975	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0686	0.2249	-0.4444	2.3538	0.0049	2.3897	-0.0088	-0.0705	-0.057	0.3307	0.0344	0.1746	0.179	-0.1048	-0.026	0.3881	-0.0869	-0.0059	0.2031	-0.0296	0.272	104.1924	30.3665	-6.0908
2	3.6105	0.1708	0.4219	3.2489	0.4907	2.3805	0.0292	0.6222	-0.7474	-0.0607	0.309	-0.5262	0.4595	0.5704	-0.2834	0.5166	0.0642	-0.0904	0.5451	-0.3129	0.567	129.2104	19.0151	-16.2372
3	3.0359	0.4591	0.3528	3.4338	-1.0291	2.4507	0.0815	-0.1099	0.2786	0.3783	0.066	0.2855	-0.2642	-0.0465	-0.1268	0.432	-0.0041	0.0844	0.208	0.0791	0.3504	82.9598	14.2784	2.3496
4	4.2354	0.0168	-0.4528	3.7923	0.8153	4.0488	0.0992	-0.7256	0.3482	0.4667	-0.0359	0.8951	-0.3575	-0.625	-0.0688	0.5548	0.0792	0.2071	0.6801	0.2122	0.9006	56.0719	8.4	11.9244

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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