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- PDB-4ptf: Ternary crystal structure of yeast DNA polymerase epsilon with te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ptf
タイトルTernary crystal structure of yeast DNA polymerase epsilon with template G
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ ...gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily ...DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.809 Å
データ登録者Jain, R. / Rajashankar, K.R. / Buku, A. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Yeast DNA Polymerase epsilon Catalytic Domain.
著者: Jain, R. / Rajashankar, K.R. / Buku, A. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
T: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,74110
ポリマ－146,0293
非ポリマー7137
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area50310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.293, 68.478, 149.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA polymerase II subunit A


分子量: 137458.922 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 1-1187) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'


分子量: 3502.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer DNA strand
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'


分子量: 5067.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA strand

-
非ポリマー , 5種, 154分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG5000 MME, 25 mM magnesium acetate, 1% DMSO, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0032 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0032 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 34414 / Num. obs: 34036 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique all: 1431 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M8O

4m8o


解像度: 2.809→46.812 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1710 5.02 %
Rwork0.1832 --
obs0.1864 34031 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.809→46.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8851 531 37 147 9566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04913222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9843636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.809-2.89120.3351190.23122301X-RAY DIFFRACTION85
2.8912-2.98450.3121240.23412740X-RAY DIFFRACTION100
2.9845-3.09110.321460.22222679X-RAY DIFFRACTION100
3.0911-3.21490.32641210.2112736X-RAY DIFFRACTION100
3.2149-3.36110.26251450.2082710X-RAY DIFFRACTION100
3.3611-3.53830.26591760.1952695X-RAY DIFFRACTION100
3.5383-3.75990.23381350.18592711X-RAY DIFFRACTION100
3.7599-4.050.22641440.1792753X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.45730.21031400.16042719X-RAY DIFFRACTION100
4.4573-5.10160.2271370.1542750X-RAY DIFFRACTION100
5.1016-6.42490.23991640.1812719X-RAY DIFFRACTION100
6.4249-46.8190.22641590.16972808X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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