PDB-4pso: Crystal structure of apeThermo-DBP-RP2 bound to ssDNA dT10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pso

タイトル

Crystal structure of apeThermo-DBP-RP2 bound to ssDNA dT10

要素

polydeoxyribonucleotide
ssDNA binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ssDNA binding protein

機能・相同性

: / Thermo-DBP-RP2 C-terminal domain / ThermoDBP-related, archaea / ThermoDBP-related, archaea / PHOSPHATE ION / DNA / Thermo-DBP-RP2-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Gahlei, H. / von Moeller, H. / Eppers, D. / Loll, B. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Entrapment of DNA in an intersubunit tunnel system of a single-stranded DNA-binding protein.
著者: Ghalei, H. / Moeller, H.v. / Eppers, D. / Sohmen, D. / Wilson, D.N. / Loll, B. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pso.cif.gz	358.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pso.ent.gz	293.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4pso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4pso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pslC 4psmC 4psnSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ahk-d 4iom-d 2vk8-2 2wvg-2 3q14-d 2w93-2 3dhi-d 3d6k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ssDNA binding protein

B: ssDNA binding protein

C: ssDNA binding protein

D: ssDNA binding protein

F: ssDNA binding protein

G: ssDNA binding protein

H: ssDNA binding protein

I: ssDNA binding protein

L: polydeoxyribonucleotide

E: polydeoxyribonucleotide

X: polydeoxyribonucleotide

Z: polydeoxyribonucleotide

ヘテロ分子

225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ssDNA binding protein

B: ssDNA binding protein

C: ssDNA binding protein

D: ssDNA binding protein

L: polydeoxyribonucleotide

E: polydeoxyribonucleotide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: ssDNA binding protein

G: ssDNA binding protein

H: ssDNA binding protein

I: ssDNA binding protein

X: polydeoxyribonucleotide

Z: polydeoxyribonucleotide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.488, 190.277, 89.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain F
6	1	chain G
7	1	chain H
8	1	chain I
1	2	chain X
2	2	chain Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	VAL	VAL	chain A	A	A	0 - 217	3 - 220
2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	chain B	B	B	-1 - 218	2 - 221
3	1	ALA	ALA	LYS	LYS	chain C	C	C	-1 - 218	2 - 221
4	1	ALA	ALA	VAL	VAL	chain D	D	D	-1 - 217	2 - 220
5	1	MET	MET	LYS	LYS	chain F	F	E	0 - 218	3 - 221
6	1	MET	MET	VAL	VAL	chain G	G	F	0 - 217	3 - 220
7	1	ALA	ALA	LYS	LYS	chain H	H	G	-1 - 218	2 - 221
8	1	GLY	GLY	LYS	LYS	chain I	I	H	-2 - 218	1 - 221
1	2	DT	DT	DT	DT	chain X	X	K	7 - 10	1 - 4
2	2	DT	DT	DT	DT	chain Z	Z	L	11 - 14	1 - 4

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ssDNA binding protein 分子量: 26627.416 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: APE_1866.1 / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9YAS7
#2: DNA鎖	polydeoxyribonucleotide 分子量: 2996.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ssDNA oligonucleotide
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 200 mM NaOAc, pH 4.3, 1.3 M NaH2PO4 and 0.7 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月17日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.2 Å²
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.6 % / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1389)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PSN

4psn

解像度: 2.9→29.932 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.98 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3091	2322	5 %	RANDOM
R_work	0.2672	-	-	-
obs	0.2693	46426	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13933	500	5	38	14476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14642
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	19899
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.481	5661
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	2380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2505

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	2	B	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	3	C	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	4	D	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	5	F	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	6	G	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	7	H	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
1	8	I	8620	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
2	1	X	52	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL
2	2	Z	52	X-RAY DIFFRACTION	10.239	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9592	0.4063	134	0.3747	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9592-3.0234	0.4148	135	0.363	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0234-3.0937	0.365	135	0.3421	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0937-3.171	0.3725	134	0.3379	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.171-3.2566	0.3522	135	0.3259	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2566-3.3523	0.3454	136	0.3017	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3523-3.4604	0.3618	135	0.2977	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4604-3.5839	0.3157	136	0.2838	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5839-3.7271	0.3542	135	0.2784	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7271-3.8964	0.2981	136	0.271	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8964-4.1013	0.2985	135	0.2688	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1013-4.3576	0.3032	136	0.237	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3576-4.6928	0.2849	138	0.2273	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6928-5.1629	0.2529	138	0.2209	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1629-5.905	0.2732	138	0.2461	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.905-7.4209	0.3207	140	0.2779	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4209-29.934	0.2601	146	0.2209	2769	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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