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- PDB-4psm: Crystal structure of pfuThermo-DBP-RP1 (crystal form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psm
タイトルCrystal structure of pfuThermo-DBP-RP1 (crystal form II)
要素ssDNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ssDNA binding protein
機能・相同性ThermoDBP-related, archaea / ThermoDBP-related, archaea / DUF2258 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Gahlei, H. / von Moeller, H. / Eppers, D. / Loll, B. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Entrapment of DNA in an intersubunit tunnel system of a single-stranded DNA-binding protein.
著者: Ghalei, H. / Moeller, H.v. / Eppers, D. / Sohmen, D. / Wilson, D.N. / Loll, B. / Wahl, M.C.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ssDNA binding protein
B: ssDNA binding protein
C: ssDNA binding protein
D: ssDNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5308
ポリマ－70,1454
非ポリマー3844
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.251, 199.303, 114.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 3:148 )
211chain B and (resseq 3:148 )
311chain C and (resseq 3:148 )
411chain D and (resseq 3:148 )

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要素

#1: タンパク質
ssDNA binding protein


分子量: 17536.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1044 / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8U208
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M Li2SO4 and 40 % (v/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.0385 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0385 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→35 Å / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 5.7 % / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PSL

4psl


解像度: 2.43→33.409 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2763 1335 5 %RANDOM
Rwork0.2226 ---
obs0.2253 26694 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.757 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.4986 Å20 Å2-0 Å2
2--2.9481 Å20 Å2
3----18.4467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→33.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4778 0 20 68 4866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9926493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0451943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.119729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002819
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
13C1185X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
14D1197X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.51690.36461310.26672481X-RAY DIFFRACTION99
2.5169-2.61760.44351300.29032501X-RAY DIFFRACTION99
2.6176-2.73670.33691320.25842509X-RAY DIFFRACTION99
2.7367-2.88090.31361330.24012522X-RAY DIFFRACTION100
2.8809-3.06130.29011330.24242530X-RAY DIFFRACTION99
3.0613-3.29740.341320.21362514X-RAY DIFFRACTION99
3.2974-3.62890.27341340.22912530X-RAY DIFFRACTION99
3.6289-4.15320.24381330.18392556X-RAY DIFFRACTION99
4.1532-5.22930.25021370.1942584X-RAY DIFFRACTION99
5.2293-33.41220.21841400.23192632X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.939 Å / Origin y: 49.7441 Å / Origin z: -13.9703 Å
111213212223313233
T0.022 Å20.0122 Å2-0.0221 Å2--0.01 Å20.0755 Å2--0.5604 Å2
L1.0841 °2-1.4108 °2-0.0697 °2-1.9112 °20.0677 °2--0.1545 °2
S-0.0328 Å °0.0173 Å °0.0219 Å °-0.0032 Å °0.0377 Å °0.175 Å °-0.0522 Å °-0.0169 Å °0.002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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